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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vpe | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM THE HYPERTHERMOPHILIC BACTERIUM THERMOTOGA MARITIMA | ||||||
要素 | PHOSPHOGLYCERATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PHOSPHOGLYCERATE KINASE / THERMOTOGA MARITIMA / HYPERTHERMOSTABILITY / CRYSTAL / AMP-PNP / 3-PGA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Auerbach, G. / Huber, R. / Graettinger, M. / Zaiss, K. / Schurig, H. / Jaenicke, R. / Jacob, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Closed structure of phosphoglycerate kinase from Thermotoga maritima reveals the catalytic mechanism and determinants of thermal stability. 著者: Auerbach, G. / Huber, R. / Grattinger, M. / Zaiss, K. / Schurig, H. / Jaenicke, R. / Jacob, U. #1: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Crystallographic Analysis of Phosphoglycerate Kinase from the Hyperthermophilic Bacterium Thermotoga Maritima 著者: Auerbach, G. / Jacob, U. / Grattinger, M. / Schurig, H. / Jaenicke, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vpe.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vpe.ent.gz | 70.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vpe_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vpe_full_validation.pdf.gz | 470.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vpe_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vpe_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36204, phosphoglycerate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#4: 化合物 | ChemComp-3PG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: PEG 3000/8000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→8 Å / Num. obs: 27144 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å / % possible all: 74.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 106055 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.198 / Rfactor obs: 0.198 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |