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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vns | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT APO-CHLOROPEROXIDASE FROM CURVULARIA INAEQUALIS | ||||||
要素 | VANADIUM CHLOROPEROXIDASE | ||||||
キーワード | HALOPEROXIDASE / VANADIUM-CONTAINING HALOPEROXIDASE / SULPHATE / RECOMBINANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride peroxidase / chloride peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Curvularia inaequalis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Macedo-Ribeiro, S. / Messerschmidt, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999 タイトル: X-ray crystal structures of active site mutants of the vanadium-containing chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis. 著者: Macedo-Ribeiro, S. / Hemrika, W. / Renirie, R. / Wever, R. / Messerschmidt, A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of a Vanadium-Containing Enzyme: Chloroperoxidase from the Fungus Curvularia Inaequalis 著者: Messerschmidt, A. / Wever, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vns.cif.gz | 135 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vns.ent.gz | 104 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vns.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vns_validation.pdf.gz | 384.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vns_full_validation.pdf.gz | 386.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vns_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vns_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/1vns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/1vns | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67627.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curvularia inaequalis (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49053, chloride peroxidase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 |
検出器 | 日付: 1997年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→15 Å / Num. obs: 81916 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 430434 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.339 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.66→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.01 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.66 Å / 最低解像度: 1.69 Å / Rfactor Rfree: 0.321 / Rfactor obs: 0.343 |