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- PDB-1vnh: CHLOROPEROXIDASE FROM THE FUNGUS CURVULARIA INAEQUALIS: MUTANT H496A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vnh
タイトルCHLOROPEROXIDASE FROM THE FUNGUS CURVULARIA INAEQUALIS: MUTANT H496A
要素VANADIUM CHLOROPEROXIDASE
キーワードHALOPEROXIDASE / VANADIUM-CONTAINING HALOPEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE / MUTANT H496A
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride peroxidase / chloride peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily ...Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Vanadium chloroperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Curvularia inaequalis (菌類)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Macedo-Ribeiro, S. / Messerschmidt, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999
タイトル: X-ray crystal structures of active site mutants of the vanadium-containing chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis.
著者: Macedo-Ribeiro, S. / Hemrika, W. / Renirie, R. / Wever, R. / Messerschmidt, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of a Vanadium-Containing Enzyme: Chloroperoxidase from the Fungus Curvularia Inaequalis
著者: Messerschmidt, A. / Wever, R.
履歴
登録1999年1月20日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Advisory / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANADIUM CHLOROPEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6752
ポリマ－67,5601
非ポリマー1151
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.340, 131.340, 112.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1124-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VANADIUM CHLOROPEROXIDASE


分子量: 67560.375 Da / 分子数: 1 / 変異: H496A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curvularia inaequalis (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49053, chloride peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
25 mMMOPS1drop
31 mMvanadate1drop
40.85 Mammonium sulfate1reservoir
50.05 MTris-H2SO41reservoir
60.5 mg/mlsodium vanadate1reservoir
70.05 Ml-cysteine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源波長: 1.5418
検出器日付: 1998年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→15 Å / Num. obs: 40714 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 75.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 112709 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.11→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE VANADATE ION WAS REFINED WITH A TETRAHEDRAL CONFORMATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 -5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 39954 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 5 260 4744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.11 Å / 最低解像度: 2.16 Å / Rfactor Rfree: 0.372 / Rfactor obs: 0.325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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