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万見
- PDB-1vna: PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND DISTANCE GEOMETRY(SLASH)SIM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vna
タイトルPROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND DISTANCE GEOMETRY(SLASH)SIMULATED ANNEALING STUDIES ON THE VARIANT-1 NEUROTOXIN FROM THE NEW WORLD SCORPION CENTRUROIDES SCULPTURATUS EWING
要素NEUROTOXIN
キーワードNEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Centruroides sculpturatus (サソリ)
手法溶液NMR
データ登録者Lee, W. / Krishna, N.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Proton nuclear magnetic resonance and distance geometry/simulated annealing studies on the variant-1 neurotoxin from the New World scorpion Centruroides sculpturatus Ewing.
著者: Lee, W. / Jablonsky, M.J. / Watt, D.D. / Krishna, N.R.
履歴
登録1993年10月26日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3251
ポリマ－7,3251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 1 / 2: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 2 / 3: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 3 / 4: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 4 / 5: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 5 / 6: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 6 / 7: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 7 / 8: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 8 / 9: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 9 / 10: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 10 / 11: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 11 / 12: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 12 / 13: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 13 / 14: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 14 / 15: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 15 / 16: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 16 / 17: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 17 / 18: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 18 / 19: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 19 / 20: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 20 / 21: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 21 / 22: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 22 / 23: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 23 / 24: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 24 / 25: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 25 / 26: CIS PROLINE - PRO 59 MODEL 26
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 NEUROTOXIN


分子量: 7325.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Centruroides sculpturatus (サソリ)
参照: UniProt: P01492
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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