PDB-1vm7: Crystal structure of Ribokinase (TM0960) from Thermotoga maritima...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vm7

タイトル

Crystal structure of Ribokinase (TM0960) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution

要素

ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / TM0960 / RIBOKINASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ribokinase (TM0960) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vm7.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vm7.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gqtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x8f-3 2jgv-1 6znx-2 4x8f-2 5c3y-3 4x8f-7 5byd-d 2abq-d 7c1x-d 5c3y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282829

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ribokinase

B: ribokinase

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.142, 45.265, 77.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-354- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	A
2	2	B
3	2	A
4	2	B
5	2	A
6	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	GLY	GLY	A	A	12 - 40	24 - 52
2	1	1	ASN	ASN	GLY	GLY	B	B	12 - 40	24 - 52
3	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	92 - 110	104 - 122
4	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	92 - 110	104 - 122
1	1	2	MET	MET	SER	SER	A	A	1 - 11	13 - 23
2	1	2	PHE	PHE	SER	SER	B	B	2 - 11	14 - 23
3	2	2	LYS	LYS	THR	THR	A	A	41 - 91	53 - 103
4	2	2	LYS	LYS	THR	THR	B	B	41 - 91	53 - 103
5	3	2	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	111 - 299	123 - 311
6	3	2	GLY	GLY	ASN	ASN	B	B	111 - 298	123 - 310

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ribokinase 分子量: 34149.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X055, ribokinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 0.4M (NH4)2Tartrate, 0.4% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月11日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→60.4 Å / Num. obs: 39375 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.9 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1884 / R_sym value: 0.682 / % possible all: 61.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gqt

1gqt

解像度: 2.15→60.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 11.629 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. There is some unexplained density at the 2-fold near B235-B236 main chain.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23539	1676	5 %	RANDOM
R_work	0.18954	-	-	-
obs	0.19189	32122	97.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.282 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.99 Å²	0 Å²	0.85 Å²
2-	-	-1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→60.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4537	0	0	279	4816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.968	6254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	9937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.023	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.216	25.758	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.158	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.355	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.186	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.254	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.55	1.5	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.16	1.5	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.839	2	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.559	3	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.376	4.5	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	1

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	280	tight positional	0.1	0.05
1	452	medium positional	0.57	0.5
1	280	tight thermal	0.15	0.5
1	452	medium thermal	0.58	2
2	1466	tight positional	0.08	0.05
2	2151	medium positional	0.47	0.5
2	1466	tight thermal	0.14	0.5
2	2151	medium thermal	0.47	2

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	102	4.85 %
R_work	0.238	2001	-
obs	-	-	83.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4097	-0.1989	0.1364	5.3338	-1.908	2.3413	0.0077	0.0141	0.0273	0.1811	-0.0842	-0.356	0.0228	0.3008	0.0765	-0.2314	-0.0269	-0.0092	-0.1512	-0.0454	-0.1361	118.1258	8.1973	30.3153
2	2.2708	0.1257	-0.5773	3.3775	1.31	3.911	0.0962	0.2396	-0.1662	-0.6821	0.0196	-0.2459	-0.4551	0.1916	-0.1157	-0.0623	-0.0003	0.0584	-0.1675	-0.0598	-0.1186	119.9698	24.6232	10.3268
3	1.7284	-0.479	-1.6196	2.4665	2.1772	4.8066	-0.0406	0.0765	0.0013	-0.0761	-0.0369	0.0564	0.1516	-0.1963	0.0776	-0.2046	-0.015	0.0196	-0.197	-0.0395	-0.1624	108.5727	4.0896	30.333
4	2.538	0.787	0.6684	3.7947	-0.5269	2.9346	0.2518	-0.3016	-0.1608	0.4269	-0.0861	-0.0569	0.1483	-0.2322	-0.1657	-0.1548	-0.0267	-0.0241	-0.0935	-0.0762	-0.1765	103.0448	-0.687	54.1135

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	12 - 40	24 - 52
2	1	A	A	92 - 110	104 - 122
3	2	A	A	1 - 11	13 - 23
4	2	A	A	41 - 91	53 - 103
5	2	A	A	111 - 299	123 - 311
6	3	B	B	12 - 40	24 - 52
7	3	B	B	92 - 110	104 - 122
8	4	B	B	2 - 11	14 - 23
9	4	B	B	41 - 91	53 - 103
10	4	B	B	111 - 298	123 - 310

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