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- PDB-1vm1: STRUCTURE OF SHV-1 BETA-LACTAMASE INHIBITED BY TAZOBACTAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vm1
タイトルSTRUCTURE OF SHV-1 BETA-LACTAMASE INHIBITED BY TAZOBACTAM
要素BETA-LACTAMASE SHV-1
キーワードHYDROLASE / Beta-LACTAMASE / BETA-LACTAM HYDROLASE / PENICILLINASE / DETERGENT Binding / Inhibitor design
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / TAZOBACTAM / TAZOBACTAM INTERMEDIATE / Beta-lactamase SHV-1 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Nukaga, M. / Nukaga, Y. / Hujer, A. / Bonomo, R.A. / Knox, J.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Inhibition of the SHV-1 beta-lactamase by sulfones: crystallographic observation of two reaction intermediates with tazobactam.
著者: Kuzin, A.P. / Nukaga, M. / Nukaga, Y. / Hujer, A. / Bonomo, R.A. / Knox, J.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structure of the SHV-1 Beta-Lactamase
著者: Kuzin, A.P. / Nukaga, M. / Nukaga, Y. / Hujer, A.M. / Bonomo, R.A. / Knox, J.R.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年9月7日ID: 1G56
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE SHV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5996
ポリマ－28,9071
非ポリマー1,6925
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.200, 56.100, 82.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE SHV-1


分子量: 28907.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: BLA / プラスミド: PBCSK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
株 (発現宿主): DH10B
参照: UniProt: Q9F643, UniProt: P0AD64*PLUS, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11 / 詳細: Synthesized by Wyeth-Ayerst
#3: 化合物 ChemComp-TBE / TAZOBACTAM INTERMEDIATE


分子量: 302.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5S / 詳細: From Hampton Research, made by Analabs.
#4: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#5: 化合物 ChemComp-TAZ / TAZOBACTAM


分子量: 300.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5S / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG-6000, 50 mM HEPES, 0.56 mM Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.541
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 14540 / Num. obs: 13813 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.02→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1843 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SHV

1shv


解像度: 2.02→50 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 727 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.177 14540 --
obs0.177 13813 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 87 175 2285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.02-2.1330.273746.70.1467521459
2.133-2.2450.251870.1361690
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARALLHDG.PROTOPALLHDG.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARM.MA1TOPH.MA1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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