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- PDB-1vll: Crystal structure of alanine dehydrogenase (AF1665) from Archaeog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vll
タイトルCrystal structure of alanine dehydrogenase (AF1665) from Archaeoglobus fulgidus at 2.80 A resolution
要素alanine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2648890 / AF1665 / alanine dehydrogenase / structural genomics / JCSG / protein structure initiative / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine metabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / NAD binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase, Archaeoglobus-type / Alanine dehydrogenase, archaeal-type / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Alanine dehydrogenase, Archaeoglobus-type / Alanine dehydrogenase, archaeal-type / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of alanine dehydrogenase (AF1665) from Archaeoglobus fulgidus at 2.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alanine dehydrogenase
B: alanine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6632
ポリマ－72,6632
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.702, 92.437, 131.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 321 / Label seq-ID: 13 - 333

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 alanine dehydrogenase


分子量: 36331.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF1665, arcB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28608, alanine dehydrogenase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3848.22
22.754.03DATA FROM A CRYSTAL CONTAINING SE-MET SUBSTITUTED WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AND DATA FROM A CRYSTAL OF THE NATIVE PROTEIN WAS USED FOR THE FINAL REFINEMENT. THE 3 ANGSTROM MAD PHASES WERE EXTENDED TO 2.8 ANGSTROMS USING THE NATIVE STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES IN THE PROGRAM RESOLVE. AFTER THE INITIAL TRACE PDB ENTRY 1OMO WAS USED TO FACILITATE COMPLETION OF THE MODEL.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.05M Acetic Acid, 0.052M Citrate_Na3, 29% PEG MME 550 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.05M Acetic Acid, 0.05M Citrate_Na3, 30% PEG MME 550 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.11588
シンクロトロンALS 8.2.120.9794, 0.9796, 1.0000
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2004年2月4日
ADSC2CCD2003年9月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115881
20.97941
30.97961
411
反射解像度: 2.8→56.7 Å / Num. obs: 17713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 84.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1280 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→52.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 37.347 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.378
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: THE DATA USED IN THE FINAL REFINEMENT WAS FROM A NATIVE CRYSTAL. THE REFINEMENT OF THE COORDINATES WAS RESTRAINED WITH THE EXPERIMENTAL PHASES FROM A CRYSTAL OF THE SELENOMETHIONINE- ...詳細: THE DATA USED IN THE FINAL REFINEMENT WAS FROM A NATIVE CRYSTAL. THE REFINEMENT OF THE COORDINATES WAS RESTRAINED WITH THE EXPERIMENTAL PHASES FROM A CRYSTAL OF THE SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED PROTEIN THAT WAS USED FOR INITIAL PHASE DETERMINATION BY MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 897 5.1 %RANDOM
Rwork0.21742 ---
obs0.21926 16757 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---3.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→52.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4574 0 0 0 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9616342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8365640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52624.737171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34615669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6721518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.18433241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04954991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.20481588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.284111351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23218
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1284tight positional0.050.05
952medium positional0.380.5
1284tight thermal0.150.5
952medium thermal1.072
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 71 5.59 %
Rwork0.377 1200 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0116-0.6774-1.10262.3470.94184.0827-0.1603-0.3431-0.23110.54040.1076-0.0233-0.0141-0.16670.05270.00350.056-0.113-0.02870.0342-0.0003-5.752-14.7739-18.4681
22.5881-0.9114-0.96213.49690.91432.95370.03860.23930.17-0.85990.2334-0.46-0.31890.2956-0.2720.0963-0.27540.01590.09640.10640.138322.2799-19.1183-47.0774
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 321 / Label seq-ID: 13 - 333

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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