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- PDB-1vlk: STRUCTURE OF VIRAL INTERLEUKIN-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlk
タイトルSTRUCTURE OF VIRAL INTERLEUKIN-10
要素VIRAL INTERLEUKIN-10
キーワードCYTOKINE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host pro-inflammatory cytokine signaling / symbiont-mediated activation of host anti-inflammatory cytokine signaling / symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / regulation of cytokine production / cytokine activity / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral interleukin-10 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zdanov, A. / Schalk-Hihi, C. / Wlodawer, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of Epstein-Barr virus protein BCRF1, a homolog of cellular interleukin-10.
著者: Zdanov, A. / Schalk-Hihi, C. / Menon, S. / Moore, K.W. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Human Interleukin-10 at 1.6 A Resolution and a Model of a Complex with its Soluble Receptor
著者: Zdanov, A. / Schalk-Hihi, C. / Wlodawer, A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Interleukin-10 Reveals the Functional Dimer with an Unexpected Topological Similarity to Interferon Gamma
著者: Zdanov, A. / Schalk-Hihi, C. / Gustchina, A. / Tsang, M. / Weatherbee, J. / Wlodawer, A.
履歴
登録1997年2月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIRAL INTERLEUKIN-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1631
ポリマ－17,1631
非ポリマー00
水1,35175
1
A: VIRAL INTERLEUKIN-10

A: VIRAL INTERLEUKIN-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3252
ポリマ－34,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area8700 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.270, 36.270, 219.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細THE FUNCTIONAL MOLECULE IS A DIMER.

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要素

#1: タンパク質 VIRAL INTERLEUKIN-10 / BCRF1 PROTEIN


分子量: 17162.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Lymphocryptovirus / 株: GD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03180
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DEPOSITORS USE THE NUMBERING SCHEME OF HUMAN INTERLEUKIN-10 IN ACCORDANCE WITH THE SEQUENCE ...THE DEPOSITORS USE THE NUMBERING SCHEME OF HUMAN INTERLEUKIN-10 IN ACCORDANCE WITH THE SEQUENCE ALIGNMENT PROVIDED IN FIG.1 OF THEIR PAPER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
23.4 mg/mlPEG40001drop
30.02 Msodium acetate1drop
40.04 Mammonium sulfate1drop
514 %PEG40001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir
70.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月4日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 9860 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 47 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
PROFFT精密化
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs-9860
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 0 75 1193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.052
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0520.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0620.055
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.4592.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.0753.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.9384
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.2877
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.022
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.190.18
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2250.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2480.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.250.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.13.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.914
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor36.212
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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