PDB-1vlh: Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (TM07...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vlh

タイトル

Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (TM0741) from Thermotoga maritima at 2.20 A resolution

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TM0741 / PHOSPHOPANTETHEINE ADENYLYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (TM0741) from Thermotoga maritima at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vlh.cif.gz	203.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vlh.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b6tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ckw-1 6b7e-1 1h1t-1 5x6f-2 6b7b-1 6b7d-1 6chl-1 3x1k-d 6cho-1 6chq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282611

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

121 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.963, 110.876, 74.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PNS / End label comp-ID: PNS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 200 / Label seq-ID: 13

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - G
2	B	B - H
3	C	C - J
4	D	D - K
5	E	E - L
6	F	F - M

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT / Dephospho-CoA pyrophosphorylase 分子量: 19738.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: coaD, kdtB, TM0741 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WZK0, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸分子量: 358.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 0.2M MgCl2, 35.0% MPD, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→68.7 Å / Num. obs: 48776 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.96 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2564 / R_sym value: 0.468 / % possible all: 68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1b6t

1b6t

解像度: 2.2→68.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 13.196 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. EACH CHAIN CONTAINS ONE BOUND MOLECULE OF 4'-PHOSPHOPANTETHEINE (PNS). THE MODEL ALSO CONTAINS A MOLECULE OF MPD FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22687	2497	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17051	-	-	-
obs	0.17332	46254	94.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.92 Å²	0 Å²	-1.41 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→68.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7520	0	140	258	7918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	2.001	10546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	17408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.716	5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.939	24.369	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.255	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.308	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	7801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.835	3	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.493	3	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.681	5	7654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.857	8	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.412	11	2892

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	916	tight positional	0.06	0.05
2	B	916	tight positional	0.05	0.05
3	C	916	tight positional	0.05	0.05
4	D	916	tight positional	0.05	0.05
5	E	916	tight positional	0.05	0.05
6	F	916	tight positional	0.06	0.05
1	A	1553	loose positional	0.67	5
2	B	1553	loose positional	0.76	5
3	C	1553	loose positional	0.69	5
4	D	1553	loose positional	0.75	5
5	E	1553	loose positional	0.7	5
6	F	1553	loose positional	0.73	5
1	A	916	tight thermal	0.17	0.5
2	B	916	tight thermal	0.18	0.5
3	C	916	tight thermal	0.16	0.5
4	D	916	tight thermal	0.16	0.5
5	E	916	tight thermal	0.16	0.5
6	F	916	tight thermal	0.16	0.5
1	A	1553	loose thermal	2.42	10
2	B	1553	loose thermal	2.75	10
3	C	1553	loose thermal	2.6	10
4	D	1553	loose thermal	2.45	10
5	E	1553	loose thermal	2.42	10
6	F	1553	loose thermal	2.72	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	133	5.19 %
R_work	0.232	2428	-
obs	-	-	67.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3034	0.2765	0.8907	1.8581	-0.3011	2.3653	-0.0206	-0.2211	0.0055	0.2613	0.0435	0.1133	0.2868	-0.3799	-0.0228	-0.0424	-0.0373	0.0319	-0.1457	0.0457	-0.1961	40.6075	1.1487	24.5336
2	3.9712	1.9225	-0.3409	2.7517	-0.2607	1.6161	-0.1906	0.4537	0.0211	-0.2938	0.204	-0.0135	0.3014	0.2022	-0.0134	-0.1159	0.0453	0.0521	-0.0804	-0.0487	-0.1414	58.1107	5.4531	0.8859
3	3.0527	0.955	0.6252	4.2227	0.358	2.005	0.0182	-0.5037	0.2107	0.4368	-0.1145	0.1762	-0.0875	-0.3764	0.0963	-0.1308	0.0528	0.0606	0.0418	-0.0252	-0.1085	21.2424	27.9106	18.5988
4	3.6344	-1.15	1.2388	2.3127	-0.6723	2.9479	-0.0763	0.2824	0.3451	-0.1357	-0.1183	-0.229	-0.4083	0.1845	0.1946	-0.1146	-0.0699	0.0366	-0.123	0.1128	-0.0371	52.2938	38.0993	-1.3713
5	2.1717	-0.765	0.6223	3.9615	-0.8606	2.2607	-0.0496	-0.1638	0.1644	0.2939	-0.0885	-0.0953	-0.1863	0.0267	0.1381	-0.0551	-0.0114	-0.0942	-0.1448	-0.0606	-0.1001	52.8705	32.0107	27.7493
6	2.7232	-1.2898	0.0969	3.5841	0.1426	2.2913	0.0309	0.3861	-0.0489	-0.2544	-0.0282	-0.0785	0.3074	-0.0524	-0.0027	-0.0891	-0.0309	-0.0098	-0.0397	0.0106	-0.1782	27.8845	16.4309	-8.1927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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