PDB-1vlc: Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase (TM0556) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vlc

タイトル

Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase (TM0556) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution

要素

3-isopropylmalate dehydrogenase

キーワード

DEHYDROGENASE / TM0556 / 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase (TM0556) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vlc.cif.gz	84.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vlc.ent.gz	62.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vlc_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vlc_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	1vlc_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	1vlc_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3udo-1 1dpz-d 1wal-1 1gc9-1 1xac-1 1nqk-2 2brv-d 2y42-1 6l8a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282429

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.780, 118.780, 56.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	3-isopropylmalate dehydrogenase / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH / 3-IPM-DH 分子量: 40702.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: leuB, TM0556 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ26, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.84	56.62
2	2.91	57.34

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	9	25.0% PEG-4000, 0.2M Li2SO4, 0.1M TRIS pH 9.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	7.5	20.0% PEG-8000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.979454
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2		0.979251, 0.979508, 0.885567

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月27日 / 詳細: flat mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	single crystal Si(311) bent monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979454	1
2	0.979251	1
3	0.979508	1
4	0.885567	1

反射

解像度: 1.9→41.01 Å / Num. obs: 36394 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2598 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SHELX		モデル構築
autoSHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.093 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE DENSITY FOR LOOP 78-83,330-335 ARE POOR, MODEL FOR THESE TWO LOOPS ARE LESS RELIABLE 3. BIOLOGICAL UNIT AS A DIMER IS INFERRED FROM ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21822	1801	5 %	RANDOM
R_work	0.18779	-	-	-
obs	0.18934	34079	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0.73 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2723	0	1	106	2830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.959	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.872	3	6101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.197	5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.297	23.333	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.779	15	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.243	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.219	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.902	3	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.748	3	736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.795	5	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.495	8	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.908	11	893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1392

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	125	5.36 %
R_work	0.229	2207	-
obs	-	-	87.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.1169 Å / Origin y: 86.0493 Å / Origin z: 21.2791 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0666 Å²	-0.0005 Å²	0.0279 Å²	-	-0.0592 Å²	0.0235 Å²	-	-	0.0526 Å²
L	0.3492 °²	-0.3432 °²	-0.0573 °²	-	2.2755 °²	0.4393 °²	-	-	0.3667 °²
S	-0.0144 Å °	-0.0637 Å °	0.0768 Å °	-0.0791 Å °	0.0112 Å °	-0.3824 Å °	0.0599 Å °	0.0158 Å °	0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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