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- PDB-1vl6: Crystal structure of NAD-dependent malic enzyme (TM0542) from The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vl6
タイトルCrystal structure of NAD-dependent malic enzyme (TM0542) from Thermotoga maritima at 2.61 A resolution
要素malate oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TM0542 / NAD-DEPENDENT MALIC ENZYME / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


malic enzyme activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NAD-dependent malic enzyme (TM0542) from Thermotoga maritima at 2.61 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999 SEQUENCE FOR THE VAL/MET CONFLICT AT RESIDUE 1: THIS GENE PRODUCT WAS EXPRESSED AS A FUSION ... SEQUENCE FOR THE VAL/MET CONFLICT AT RESIDUE 1: THIS GENE PRODUCT WAS EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN, SO THE ORIGINAL INITIATION CODON WAS TRANSLATED AS VAL INSTEAD OF MET. THERE IS A POINT MUTATION, ILE TO VAL, AT POSITION 6. IT WAS AN ERROR INTRODUCED DURING CLONING. THIS IS SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY WHICH CLEARLY SHOW VAL RESIDUES AT THE POSITION 6 OF ALL FOUR CHAINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: malate oxidoreductase
B: malate oxidoreductase
C: malate oxidoreductase
D: malate oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,3404
ポリマ-171,3404
非ポリマー00
79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20200 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area51230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.963, 143.963, 163.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23C
33D
14A
24B
34C
15A
25C
35D
16A
26B
36C
46D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPGLNAA2 - 15614 - 168
21ASPGLNBB2 - 15614 - 168
31ASPGLNCC2 - 15614 - 168
41ASPGLNDD2 - 15614 - 168
12GLNGLUAA157 - 175169 - 187
22GLNGLUBB157 - 175169 - 187
32GLNGLUCC157 - 175169 - 187
42GLNGLUDD157 - 175169 - 187
13LYSVALAA176 - 185188 - 197
23LYSVALCC176 - 185188 - 197
33LYSVALDD176 - 185188 - 197
14ASNILEAA186 - 235198 - 247
24ASNILEBB186 - 235198 - 247
34ASNILECC186 - 235198 - 247
15THRASNAA236 - 310248 - 322
25THRASNCC236 - 310248 - 322
35THRASNDD236 - 310248 - 322
16GLNSERAA311 - 375323 - 387
26GLNSERBB311 - 375323 - 387
36GLNSERCC311 - 375323 - 387
46GLNSERDD311 - 375323 - 387

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
malate oxidoreductase


分子量: 42835.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
: MSB8 / 遺伝子: TM0542 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ12
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8556.87
23.1260.31
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.025M Citric Acid, 0.075M Citrate_Na3, 6.00% NP_Peg 6000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.025M Citric Acid, 0.075M Citrate_Na3, 6.00% NP_Peg 6000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.11587
シンクロトロンALS 8.3.121.019943, 0.979762, 0.979619
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.0199431
30.9797621
40.9796191
反射解像度: 2.6→47.12 Å / Num. obs: 57871 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 3.26 % / Biso Wilson estimate: 74.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.77
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique all: 5591 / % possible all: 96.26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.61→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 23.972 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.286
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE ELECTRON DENSITY IN THE REGIONS OF B243-B254, B267-B268 AND B287-B306 ARE POOR, BUT THE DENSITY STILL SHOW CLEARLY THE MAIN CHAIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE ELECTRON DENSITY IN THE REGIONS OF B243-B254, B267-B268 AND B287-B306 ARE POOR, BUT THE DENSITY STILL SHOW CLEARLY THE MAIN CHAIN TRACES, SO THEY WERE STILL INCLUDED IN THIS MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23929 2333 4.1 %RANDOM
Rwork0.19189 ---
obs0.1938 55267 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.902 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20.55 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11096 0 0 44 11140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02211343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.96115422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933324642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6551486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55625.045448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.945151862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6681550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.22569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.211098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.27174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.40.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.52137552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.49233009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64511927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.884167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.133113495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.25819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0650.21
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A904tight positional0.050.05
12B904tight positional0.050.05
13C904tight positional0.040.05
14D904tight positional0.050.05
11A1333loose positional0.445
12B1333loose positional0.475
13C1333loose positional0.55
14D1333loose positional0.495
11A904tight thermal0.150.5
12B904tight thermal0.140.5
13C904tight thermal0.120.5
14D904tight thermal0.140.5
11A1333loose thermal2.5610
12B1333loose thermal2.4810
13C1333loose thermal2.5110
14D1333loose thermal2.4310
21A113tight positional0.040.05
22B113tight positional0.040.05
23C113tight positional0.050.05
24D113tight positional0.040.05
21A130loose positional0.225
22B130loose positional0.315
23C130loose positional0.45
24D130loose positional0.235
21A113tight thermal0.180.5
22B113tight thermal0.110.5
23C113tight thermal0.10.5
24D113tight thermal0.140.5
21A130loose thermal2.1510
22B130loose thermal2.0410
23C130loose thermal2.2610
24D130loose thermal1.4810
31A60tight positional0.050.05
32C60tight positional0.050.05
33D60tight positional0.040.05
31A87loose positional0.345
32C87loose positional0.455
33D87loose positional0.315
31A60tight thermal0.160.5
32C60tight thermal0.130.5
33D60tight thermal0.150.5
31A87loose thermal2.7710
32C87loose thermal2.9710
33D87loose thermal3.8510
41A294tight positional0.060.05
42B294tight positional0.050.05
43C294tight positional0.060.05
41A415loose positional0.525
42B415loose positional0.415
43C415loose positional0.545
41A294tight thermal0.160.5
42B294tight thermal0.120.5
43C294tight thermal0.130.5
41A415loose thermal3.4110
42B415loose thermal2.9510
43C415loose thermal2.6910
51A437tight positional0.050.05
52C437tight positional0.050.05
53D437tight positional0.040.05
51A609loose positional0.555
52C609loose positional0.795
53D609loose positional0.565
51A437tight thermal0.150.5
52C437tight thermal0.120.5
53D437tight thermal0.140.5
51A609loose thermal3.0410
52C609loose thermal3.0510
53D609loose thermal2.5110
61A377tight positional0.060.05
62B377tight positional0.080.05
63C377tight positional0.070.05
64D377tight positional0.060.05
61A540loose positional0.555
62B540loose positional0.745
63C540loose positional0.575
64D540loose positional0.535
61A377tight thermal0.160.5
62B377tight thermal0.120.5
63C377tight thermal0.110.5
64D377tight thermal0.150.5
61A540loose thermal3.6710
62B540loose thermal3.7410
63C540loose thermal3.3110
64D540loose thermal3.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 179 4.48 %
Rwork0.326 3819 -
obs--93.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8404-0.10310.05681.8361-0.26212.5428-0.10210.28480.5246-0.00130.14560.1757-0.0907-0.0432-0.0435-0.30540.04820.0117-0.24170.0702-0.1234-16.046849.145519.0726
22.7455-0.44471.2852.3602-0.392.16140.0483-0.3253-0.05520.29250.00770.19670.0961-0.2565-0.056-0.21980.010.04-0.25660.0117-0.4146-7.74522.192237.0643
31.8928-0.3048-0.64732.9760.5921.5440.01240.2580.1015-0.2701-0.02920.0921-0.08840.04770.0168-0.26340.0160.0289-0.24660.0373-0.4021-8.933229.367116.406
42.3312-0.3718-0.13591.9290.01911.4061-0.03980.27350.5432-0.20190.0970.3329-0.1441-0.0744-0.0572-0.26950.03260.0037-0.25040.13520.1039-17.686158.438317.9036
510.622.2405-4.70693.5466-1.76655.29720.50792.0190.898-0.2605-0.00770.4465-1.0883-1.4861-0.50020.32790.38660.02530.32620.09270.2617-35.938282.99419.2463
67.7671-1.6566-0.90665.5914-1.31143.53670.16330.64470.5253-0.5729-0.2014-0.7736-0.3660.04670.03820.07160.06870.1329-0.16070.04210.3462-15.856378.316811.4574
73.19370.7021-0.48311.97450.21891.39470.09160.420.73070.03230.18770.1356-0.1102-0.2517-0.2793-0.1793-0.08290.0521-0.08590.29250.032110.203160.4584-4.0488
83.68031.0731-1.76712.7922-0.65584.29410.6492-1.1380.71860.9507-0.00180.5991-1.03250.6625-0.64740.3969-0.28750.31540.1589-0.00940.240825.525188.88674.1883
93.40160.5015-1.82664.07051.46013.25050.3905-0.23120.61150.24870.1240.9519-0.7383-0.2269-0.51450.10480.02660.32340.04870.35840.64935.609980.13871.6806
102.48690.684-0.37441.74780.33551.8098-0.04360.49940.4559-0.15540.21430.0723-0.0246-0.338-0.1707-0.2237-0.11390.0108-0.01930.245-0.15979.627150.7747-5.6852
113.21510.41281.8462.13850.87563.10620.03610.943-0.1565-0.35930.1644-0.21560.08391.1352-0.2005-0.0586-0.05340.0610.1769-0.0162-0.35394.666322.823-23.8468
122.15240.78191.57883.8751-0.511.6892-0.0280.07580.14290.1393-0.0374-0.0183-0.13540.13680.0655-0.2022-0.09390.0418-0.11680.0334-0.39774.909530.2439-3.3242
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 15612 - 168
22AA157 - 309169 - 321
33AA310 - 376322 - 388
44BB0 - 15612 - 168
55BB157 - 309169 - 321
66BB310 - 376322 - 388
77CC0 - 15612 - 168
88CC157 - 309169 - 321
99CC310 - 376322 - 388
1010DD0 - 15612 - 168
1111DD157 - 309169 - 321
1212DD310 - 376322 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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