PDB-1vl3: DESIGN OF NEW MIMOCHROMES WITH UNIQUE TOPOLOGY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vl3

タイトル

DESIGN OF NEW MIMOCHROMES WITH UNIQUE TOPOLOGY

要素

GLU-SER-GLN-LEU-HIS-SER-ASN-LYS-ARG

キーワード

DE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELIX / DESIGN / MINIATURIZED METALLOPROTEINS

機能・相同性

CO(III)-(DEUTEROPORPHYRIN IX)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / MOLECULAR DYNAMIC SIMULATION FOR 400 PS

データ登録者

Lombardi, A. / Nastri, F. / Marasco, D. / Maglio, O. / De Sanctis, G. / Sinibaldi, F. / Santucci, R. / Coletta, M. / Pavone, V.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2003
タイトル: Design of a New Mimochrome with Unique Topology.
著者: Lombardi, A. / Nastri, F. / Marasco, D. / Maglio, O. / De Sanctis, G. / Sinibaldi, F. / Santucci, R. / Coletta, M. / Pavone, V.

履歴

登録	2004年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2004年7月20日	ID: 1L1B
改定 1.0	2004年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vl3.cif.gz	17 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vl3.ent.gz	10.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ixz-d 5m1w-d 1ttl-d 2g6u-d 5xrx-d 1w7z-3 1dw5-d 4m6e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLU-SER-GLN-LEU-HIS-SER-ASN-LYS-ARG

B: GLU-SER-GLN-LEU-HIS-SER-ASN-LYS-ARG

ヘテロ分子

2.82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	GLU-SER-GLN-LEU-HIS-SER-ASN-LYS-ARG 分子量: 1125.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
#2: 化合物	ChemComp-DEU / CO(III)-(DEUTEROPORPHYRIN IX) 分子量: 567.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈CoN₄O₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 1MM CO(III)-MIMOCHROME IV 70% H2O, 30% CF3CD2OD
試料状態	pH: 5.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	MSI	精密化
NMRPipe		構造決定
Discover		構造決定

精密化

手法: MOLECULAR DYNAMIC SIMULATION FOR 400 PS / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 250 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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