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- PDB-1vkx: CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
  • PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT)
  • PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / NF-KB / HETERODIMER / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival ...SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / mammary gland involution / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / antibacterial innate immune response / Downstream TCR signaling / prolactin signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / positive regulation of Schwann cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of lipid storage / cellular response to peptidoglycan / negative regulation of interleukin-12 production / ankyrin repeat binding / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to dsRNA / actinin binding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / response to UV-B / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of cytokine production / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / response to cobalamin / phosphate ion binding / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / : / response to muramyl dipeptide / cellular response to interleukin-1 / general transcription initiation factor binding / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / hair follicle development / response to amino acid / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / neuropeptide signaling pathway / lymph node development / NF-kappaB binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / JNK cascade / response to muscle stretch / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / peptide binding / negative regulation of angiogenesis / liver development / response to progesterone / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / animal organ morphogenesis / positive regulation of interleukin-8 production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / response to insulin / response to bacterium / protein catabolic process / defense response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to virus / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription
類似検索 - 分子機能
Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / MOLECULAR REPLACEMEN / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, F. / Huang, D.B. / Ghosh, G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of p50/p65 heterodimer of transcription factor NF-kappaB bound to DNA.
著者: Chen, F.E. / Huang, D.B. / Chen, Y.Q. / Ghosh, G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of NF-Kb p50 Homodimer Bound to a Kb Site
著者: Ghosh, G. / Duyne, G.V. / Ghosh, S. / Sigler, P.B.
履歴
登録1997年9月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT)
B: PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2354
ポリマ－73,2354
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.610, 106.610, 206.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*C)-3') / IMMUNOGLOBULIN KAPPA B DNA


分子量: 3669.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: ACTIVE NF-KAPPA-B IS A HETERODIMER OF AN ABOUT 50 KD DNA-BINDING SUBUNIT AND THE WEAK DNA-BINDING SUBUNIT P65
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3') / IMMUNOGLOBULIN KAPPA B DNA


分子量: 3656.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: ACTIVE NF-KAPPA-B IS A HETERODIMER OF AN ABOUT 50 KD DNA-BINDING SUBUNIT AND THE WEAK DNA-BINDING SUBUNIT P65
#3: タンパク質 PROTEIN (NF-KAPPA B P65 SUBUNIT)


分子量: 30984.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q04207
#4: タンパク質 PROTEIN (NF-KAPPA B P50 SUBUNIT)


分子量: 34924.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P25799
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM ACETATE11
2CACL211
3BETA-OCTYL-GLUCOSIDE11
4SPERMINE11
5DITHIOTHREITOL11
6PEG 335011
7PEG 335012
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1reservoir
3100 mM1reservoirCaCl2
48 %PEG33501reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 26430 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 88
反射
*PLUS
Num. measured all: 88449
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMEN
開始モデル: ONE MONOMER OF P50/DNA COMPLEX AND ONE MONO OF P65/DNA COMPLEX

解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 978 5 %
Rwork0.208 --
obs0.208 19562 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 486 0 0 5116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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