PDB-1vkw: Crystal structure of a putative nitroreductase (tm1586) from ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vkw

タイトル

Crystal structure of a putative nitroreductase (tm1586) from thermotoga maritima msb8 at 2.00 A resolution

要素

putative nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative Nitroreductase (TM1586) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vkw.cif.gz	60.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vkw.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vkw_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vkw_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	1vkw_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	1vkw_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dpg-d 6ir6-d 5l84-d 2ckg-2 4feq-d 4zan-d 2hcg-d 5dph-2 6ir7-d 6a4c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283443

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative nitroreductase

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.299, 45.299, 192.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	putative nitroreductase 分子量: 25796.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1S2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.6 詳細: Acetate pH 4.6, 0.2M (NH4)2SO4, 20% Glycerol, 25% PEG-4000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.979029
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2		0.979029, 0.918370,0.978835

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979029	1
2	0.91837	1
3	0.978835	1

反射

解像度: 2→39.23 Å / Num. obs: 15922 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.38 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 969 / R_sym value: 0.229 / % possible all: 82.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0001	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→39.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.734 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.171
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24281	827	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21022	-	-	-
obs	0.2118	15544	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1751	0	10	95	1856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.13	1.946	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	3	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.944	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.558	23.214	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.704	15	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.222	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.529	3	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.297	3	432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.219	5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.796	8	786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.967	11	687

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	72	6.08 %
R_work	0.211	1112	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4481	-0.0726	0.034	3.8493	0.0135	3.7831	0.1908	0.6166	-0.0887	-0.9833	0.0484	-0.6187	0.0937	0.4477	-0.2391	0.1951	-0.0335	0.1583	0.1402	-0.0929	0.0513	33.2581	4.2234	11.1637
2	2.7395	-0.6942	0.5748	2.8904	0.4831	2.2206	0.0412	-0.0552	0.0653	-0.0928	0.1182	-0.1316	0.0382	-0.0499	-0.1593	-0.1374	-0.0658	0.0261	-0.0875	-0.0109	-0.0756	24.8733	8.5129	28.7287

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 113	13 - 125
2	2	114 - 206	126 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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