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- PDB-1vkl: RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkl
タイトルRABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE
要素PHOSPHOGLUCOMUTASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOGLUCOMUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / sarcoplasmic reticulum / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucomutase / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Phosphoglucomutase / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Phosphoglucomutase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ray Junior, W.J. / Baranidharan, S. / Liu, Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Structural changes at the metal ion binding site during the phosphoglucomutase reaction.
著者: Ray Jr., W.J. / Post, C.B. / Liu, Y. / Rhyu, G.I.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: The Crystal Structure of Muscle Phosphoglucomutase Refined at 2.7-Angstrom Resolution
著者: Dai, J.B. / Liu, Y. / Ray Junior, W.J. / Konno, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Catalytic Activity of Muscle Phosphoglucomutase in the Crystalline Phase
著者: Ray Junior, W.J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Structure of Rabbit Muscle Phosphoglucomutase at Intermediate Resolution
著者: Lin, Z. / Konno, M. / Abad-Zapatero, C. / Wierenga, R. / Murthy, M.R. / Ray Junior, W.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録1996年7月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX THE MONOMER CAN BE SUBDIVIDED INTO FOUR SEQUENCE DOMAINS: THE FINAL COLUMN OF THE HELIX ...HELIX THE MONOMER CAN BE SUBDIVIDED INTO FOUR SEQUENCE DOMAINS: THE FINAL COLUMN OF THE HELIX IDENTIFIER, 1-4, DESIGNATES THE DOMAINS; FOR STRANDS, THE DOMAINS ARE DESIGNATED BY THE NUMBERS IN THE SECOND COLUMN, 1-4, FOLLOWED BY EITHER B OR A SPATIAL RELATIONSHIP EXISTS BETWEEN GROUPS OF HELICES/STR IN DOMAINS 1-3. IN ORDER TO EMPHASIZE THIS RELATIONSHIP, AS 4S-1S. THUS, A SPATIAL DOMAIN-DOMAIN RELATIONSHIP EXIST AMONG STANDS/HELICES WHOSE DESIGNATOR CONTAINS 1S-4S IN THE SECOND COLUMN OR ENDS WITH 1-4, RESPECTIVELY. DOMAINS 1, 2, 3 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX1. DOMAIN 4 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A DIFFERENT ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLUCOMUTASE
B: PHOSPHOGLUCOMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2774
ポリマ－123,1602
非ポリマー1172
水6,323351
1
A: PHOSPHOGLUCOMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6392
ポリマ－61,5801
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHOGLUCOMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6392
ポリマ－61,5801
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.420, 174.420, 101.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.263, -0.9648, 0.0087), (-0.964, -0.2631, -0.0393), (0.0402, 0.002, -0.9992)83.8643, 111.698, 84.7083
2given(0.2645, -0.9641, -0.0223), (-0.9638, -0.2635, -0.0411), (0.0337, 0.0323, -0.9989)83.8308, 111.554, 83.626
詳細THERE ARE TWO MONOMER COPIES PER ASYMMETRIC UNIT ALONG THE 4(1) SCREW AXIS. MONOMER A IS THE FIRST ENCOUNTERED IN AN ASYMMETRIC UNIT AS ONE MOVES CLOCKWISE ALONG A SCREW AXIS. AMINO ACID RESIDUES IN MONOMERS A AND B ARE DISTINGUISHED BY THE CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY.

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLUCOMUTASE


分子量: 61579.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE
参照: UniProt: P00949, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Lin, Z., (1986) J.Biol.Chem., 261, 264.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
147 %satammonium salfate11
23-4 %PEG40011

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 46280 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3PMG

3pmg


解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2
詳細: MOSTLY X-PLOR DEFAULT VALUES THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE ...詳細: MOSTLY X-PLOR DEFAULT VALUES THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION. THE TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION ARE SEP B 116 AND ASN B 461.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 -10 %
Rwork0.17 --
obs0.17 36032 92.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8666 0 2 351 9019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.54
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.369
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19XTOPH19
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.543
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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