PDB-1vke: Crystal structure of carboxymuconolactone decarboxylase family pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vke

タイトル

Crystal structure of carboxymuconolactone decarboxylase family protein possibly involved in antioxidative response (TM1620) from Thermotoga maritima at 1.56 A resolution

要素

carboxymuconolactone decarboxylase family protein

キーワード

LYASE / TM1620 / CARBOXYMUCONOLACTONE DECARBOXYLASE FAMILY PROTEIN POSSIBLY INVOLVED IN ANTIOXIDATIVE RESPONSE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of carboxymuconolactone decarboxylase family protein possibly involved in antioxidative response (TM1620) from Thermotoga maritima at 1.56 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vke.cif.gz	148.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vke.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vke_validation.pdf.gz	497.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vke_full_validation.pdf.gz	507.5 KB	表示
XML形式データ	1vke_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	1vke_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p8cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jwb-1 4c3o-3 5ugh-1 4k4u-1 5ugh-2 7kvw-1 4h69-2 4w6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283477 TargetDB: 356063 TargetDB: 356064 TargetDB: 356065 TargetDB: 356075

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

B: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

C: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

D: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

E: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

F: carboxymuconolactone decarboxylase family protein

ヘテロ分子

91.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.922, 67.975, 90.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	carboxymuconolactone decarboxylase family protein 分子量: 15271.636 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: possibly involved in antioxidative response 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X1V5, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 5.5 MES 25 MPD 0.2 Li2SO4, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月24日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 106734 / % possible obs: 92.29 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.49 Å² / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 32.69
反射シェル	解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 1.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique all: 6403 / R_sym value: 0.48 / % possible all: 55.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P8C

1p8c

解像度: 1.56→44.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.8 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. CHAIN A 4-17 HAS VERY POOR DENSITY, OCCUPANCY SET TO 0.5 3. THERE ARE UNEXPLAINED DENSITIES NEAR PUTATIVE ACTIVE SITES (AROUND 59-62 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17834	5361	5 %	RANDOM
R_work	0.15816	-	-	-
obs	0.15918	101346	92.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.887 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	0 Å²	-0.85 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→44.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4870	0	68	435	5373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.976	6795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	11214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.622	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.844	23.172	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.943	15	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.032	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.322	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.078	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.956	3	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.48	3	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.732	5	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.77	8	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.281	11	1716

LS精密化シェル

解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	240	5.35 %
R_work	0.275	4242	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1518	0.72	-5.4871	18.8357	-6.1158	36.7294	0.385	0.4466	0.6302	-1.1433	0.6246	0.8245	2.4881	0.5654	-1.0096	0.2786	0.0829	-0.1262	-0.0707	-0.0949	0.0683	10.117	-20.754	9.965
2	18.9984	20.3422	4.3721	27.0678	2.7529	1.7095	-0.28	-0.2445	-0.5289	-0.7143	-0.0453	-0.9618	0.3326	0.0295	0.3254	0.044	0.0134	0.106	0.023	-0.0004	0.1562	32.762	-16.399	26.883
3	3.2729	-4.8119	5.5458	7.8036	-9.0376	11.4058	0.3467	-0.0478	-0.3826	-0.6883	-0.035	0.1311	0.938	-0.3263	-0.3117	0.1342	-0.0418	-0.0056	0.0539	0.0165	0.1865	-1.496	-17.214	17.961
4	11.3562	5.1714	8.4753	3.0412	4.1657	6.5571	-0.2593	0.8275	0.2384	-0.2159	0.2881	0.0179	-0.1093	0.5765	-0.0288	0.1036	-0.0204	0.0211	0.1604	0.0044	0.0016	20.012	14.761	8.358
5	4.3422	3.6515	-3.1826	5.3789	-3.8184	3.4852	0.1392	-0.3008	0.1103	0.4969	0.0278	0.0458	-0.1513	0.1161	-0.167	0.1765	0.0186	-0.01	0.0959	0.0072	0.0235	26.311	2.468	43.551
6	4.8317	4.2421	4.1652	4.3674	3.8485	4.9674	-0.2349	0.0178	0.4805	-0.0592	-0.1427	0.2833	-0.3708	-0.2276	0.3776	0.1191	0.0115	-0.0094	0.0657	-0.0001	0.0875	10.573	19.539	12.903
7	6.8784	6.2576	-2.9815	5.765	-2.6707	2.0407	-0.2491	-0.0678	-0.4776	0.0057	0.0116	-0.4656	0.1549	0.1932	0.2376	0.1007	0.0223	0.0123	0.0688	0.0254	0.0885	29.926	-7.137	39.071
8	4.8477	-4.7546	4.7197	6.0851	-5.1338	5.625	-0.3557	-0.4147	-0.1681	0.2337	0.4964	0.2981	-0.059	-0.7725	-0.1407	0.0263	-0.0002	0.0373	0.1641	0.0716	0.1623	-6.093	-12.436	27.595
9	0.5643	-0.0399	-0.1236	0.8169	0.052	1.7148	-0.0842	0.149	-0.2346	-0.0804	0.0581	0.0395	0.0731	-0.0701	0.0262	0.0889	-0.0247	0.0079	0.0937	-0.0366	0.0793	6.587	-6.136	7.53
10	2.5661	-0.0566	0.3107	0.4507	-0.1252	0.6467	0.0913	0.2368	-0.1175	0.024	-0.0431	-0.1593	-0.0063	0.0789	-0.0482	0.0744	0	0.0149	0.0962	-0.0202	0.0528	30.425	6.026	18.947
11	0.3745	0.0746	-0.1236	1.3852	0.0171	0.7225	-0.0538	-0.1144	0.0867	0.1216	0.0194	0.0012	-0.0932	-0.0194	0.0344	0.1364	0.0029	-0.0052	0.0789	-0.0209	0.0428	20.51	15.462	33.327
12	2.8507	0.0892	0.4961	1.0578	-0.0127	0.7364	-0.0576	-0.0541	0.0655	0.0556	0.0924	0.0982	-0.1738	-0.1872	-0.0349	0.0763	0.0326	0.0033	0.0909	0.0144	0.0498	-2.166	8.747	17.53
13	0.4419	-0.0464	0.1435	2.5511	-0.1643	0.0553	-0.0025	-0.0275	-0.1022	0.0158	0.1051	-0.0293	0.1457	-0.06	-0.1026	0.1101	0.0093	0.0141	0.0363	0.0206	0.0863	18.915	-17.526	30.853
14	1.3121	-0.3446	0.5239	1.9739	-1.0842	2.9862	-0.121	-0.1904	-0.1269	0.3307	0.1685	0.3253	-0.226	-0.3594	-0.0475	0.1012	0.0538	0.0805	0.1115	0.0635	0.0736	4.651	-7.544	39.693

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 17	16 - 29
2	2	E	E	2 - 17	14 - 29
3	3	A	A	19 - 39	31 - 51
4	4	B	B	21 - 39	33 - 51
5	5	C	C	21 - 39	33 - 51
6	6	D	D	19 - 39	31 - 51
7	7	E	E	19 - 39	31 - 51
8	8	F	F	20 - 39	32 - 51
9	9	A	A	40 - 121	52 - 133
10	10	B	B	40 - 121	52 - 133
11	11	C	C	40 - 120	52 - 132
12	12	D	D	40 - 119	52 - 131
13	13	E	E	40 - 121	52 - 133
14	14	F	F	40 - 116	52 - 128

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