PDB-1vkd: Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vkd

タイトル

Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermotoga maritima msb8 at 2.10 A resolution

要素

conserved hypothetical protein TM1225

キーワード

HYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / glycosyltransferase activity / Mainly Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (TM1225) from Thermotoga maritima at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	1vkd_full_validation.pdf.gz	504.9 KB	表示
XML形式データ	1vkd_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	1vkd_validation.cif.gz	109.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ebl-7 6q4z-d 2ff2-d 4xaf-d 3gth-1 6q4y-d 1q7m-1 2ffi-d 4xd5-d 3d0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283090

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 283090

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein TM1225

B: conserved hypothetical protein TM1225

C: conserved hypothetical protein TM1225

D: conserved hypothetical protein TM1225

E: conserved hypothetical protein TM1225

F: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

234 kDa, 6 ポリマー
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1

A: conserved hypothetical protein TM1225

B: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: conserved hypothetical protein TM1225

D: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: conserved hypothetical protein TM1225

F: conserved hypothetical protein TM1225

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 2 ポリマー
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4

A: conserved hypothetical protein TM1225

B: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

E: conserved hypothetical protein TM1225

F: conserved hypothetical protein TM1225

C: conserved hypothetical protein TM1225

D: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
234 kDa, 6 ポリマー
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5

D: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

F: conserved hypothetical protein TM1225

B: conserved hypothetical protein TM1225

ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
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6

A: conserved hypothetical protein TM1225

ヘテロ分子

E: conserved hypothetical protein TM1225

C: conserved hypothetical protein TM1225

ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.867, 100.908, 253.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: 2

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MSE	MSE	A	A	1 - 326	13 - 338
2	MSE	MSE	B	B	1 - 326	13 - 338
3	MSE	MSE	C	C	1 - 326	13 - 338
4	MSE	MSE	D	D	1 - 326	13 - 338
5	SER	SER	E	E	1 - 325	13 - 337
6	MSE	MSE	F	F	1 - 326	13 - 338

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein TM1225 分子量: 38994.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0V2
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.5 詳細: Cacodylate pH 6.5, 5% PEG-1000, 0.2M MgCl2 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115896, 0.979508, 0.979740, 1.019778

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月4日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.115896	1
2	0.979508	1
3	0.97974	1
4	1.019778	1

反射

解像度: 2.098→100.91 Å / Num. obs: 119326 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.37 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 7509 / R_sym value: 0.521 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定
autoSHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC	5.2.0001	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→82.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 8.768 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: NULL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20404	6056	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16203	-	-	-
obs	0.16417	113119	91.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.363 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→82.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15853	0	16	954	16823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	16408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.921	22395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.933	5	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.905	23.158	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.538	15	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.256	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.532	3	9976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.461	5	15922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.53	8	7478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.376	11	6473

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1300	tight positional	0.05	0.05
2	B	1300	tight positional	0.05	0.05
3	C	1300	tight positional	0.04	0.05
4	D	1300	tight positional	0.06	0.05
5	E	1300	tight positional	0.04	0.05
6	F	1300	tight positional	0.06	0.05
1	A	1333	medium positional	0.38	0.5
2	B	1333	medium positional	0.39	0.5
3	C	1333	medium positional	0.36	0.5
4	D	1333	medium positional	0.34	0.5
5	E	1333	medium positional	0.37	0.5
6	F	1333	medium positional	0.4	0.5
1	A	1300	tight thermal	0.15	0.5
2	B	1300	tight thermal	0.17	0.5
3	C	1300	tight thermal	0.15	0.5
4	D	1300	tight thermal	0.18	0.5
5	E	1300	tight thermal	0.15	0.5
6	F	1300	tight thermal	0.2	0.5
1	A	1333	medium thermal	1.24	2
2	B	1333	medium thermal	1.29	2
3	C	1333	medium thermal	1.18	2
4	D	1333	medium thermal	1.31	2
5	E	1333	medium thermal	1.18	2
6	F	1333	medium thermal	1.42	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	408	5.18 %
R_work	0.24	7469	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7318	-0.2055	0.1226	0.7955	-0.038	1.047	0.0387	0.049	0.1052	-0.1097	0.0218	-0.1347	-0.2339	0.2178	-0.0604	0.0372	-0.1363	0.1243	0.0212	-0.0013	-0.0264	80.812	35.4447	144.7887
2	0.6224	0.0665	0.0496	1.1314	-0.148	1.0869	0.0277	0.0414	0.1021	-0.1141	0.0279	0.111	-0.2639	-0.0881	-0.0556	0.0336	0.0226	0.0256	-0.1409	0.0325	-0.0473	41.5798	40.1718	152.8593
3	1.0444	-0.296	-0.0482	1.0208	0.1825	1.3078	-0.0067	-0.0353	0.1947	0.0789	0.1031	-0.1733	-0.1781	0.3217	-0.0965	-0.094	-0.0668	-0.0377	0.0019	-0.0302	0.0144	123.5218	55.8514	99.2371
4	0.6115	0.0719	0.1889	1.0176	-0.1454	1.0082	0.0079	-0.103	0.086	0.1858	-0.0002	0.1632	-0.0907	-0.0792	-0.0077	-0.0923	0.0198	0.0458	-0.1291	-0.0042	-0.0527	83.4852	52.1993	100.2991
5	0.8309	-0.0263	0.3879	1.0343	-0.0591	1.3749	0.0149	-0.1664	-0.0267	0.1235	0.0423	0.2066	0.1903	-0.4334	-0.0572	-0.0964	-0.09	0.0195	0.1028	0.0448	-0.0145	46.1692	77.7967	57.8806
6	0.5785	0.0711	-0.2394	1.1234	-0.4241	0.8169	0	-0.1135	0.031	0.1295	0.0106	-0.1266	-0.0189	0.0258	-0.0106	-0.0901	-0.0106	-0.0734	-0.1376	-0.0236	-0.0872	85.9308	81.7265	62.2868

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 326	13 - 338
2	2	B	B	1 - 326	13 - 338
3	3	C	C	1 - 326	13 - 338
4	4	D	D	1 - 326	13 - 338
5	5	E	E	1 - 325	13 - 337
6	6	F	F	1 - 326	13 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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