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- PDB-1vkc: Putative acetyl transferase from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkc
タイトルPutative acetyl transferase from Pyrococcus furiosus
要素putative acetyl transferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / acetyl transferase / Pyrococcus furiosus / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Putative acetyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Habel, J.E. / Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Rose, J.P. / Brereton, P.S. / Izumi, M. / Jenney Jr, F.E. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. ...Habel, J.E. / Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Rose, J.P. / Brereton, P.S. / Izumi, M. / Jenney Jr, F.E. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Putative acetyl transferase from Pyrococcus furiosus
著者: Habel, J.E. / Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Rose, J.P. / BRERETON, P.S. / IZUMI, M. / JENNEY JR, F.E. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / SUGAR, F.J. / ADAMS, M.W.W. / RICHARDSON, D.C. / RICHARDSON, J. ...著者: Habel, J.E. / Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Rose, J.P. / BRERETON, P.S. / IZUMI, M. / JENNEY JR, F.E. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / SUGAR, F.J. / ADAMS, M.W.W. / RICHARDSON, D.C. / RICHARDSON, J.S. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2004年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative acetyl transferase
B: putative acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,09215
ポリマ－37,4432
非ポリマー1,65013
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: putative acetyl transferase
ヘテロ分子

B: putative acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,09215
ポリマ－37,4432
非ポリマー1,65013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area7500 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
3
A: putative acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7379
ポリマ－18,7211
非ポリマー1,0158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
B: putative acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3566
ポリマ－18,7211
非ポリマー6355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.919, 67.387, 49.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 putative acetyl transferase


分子量: 18721.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌)
解説: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.- S.LEE, F.L. POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) ...解説: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.- S.LEE, F.L. POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4Q2
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.9
詳細: 8% (v/v) MPD, 100mM magnesium chloride, 100mM sodium citrate, pH 5.9, micro batch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97702 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 24184 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.89-1.970.442195.6
1.97-2.050.317198
2.05-2.140.226198.5
2.14-2.250.166198.9
2.25-2.390.125199
2.39-2.580.092199.1
2.58-2.840.068199.3
2.84-3.250.044199.4
3.25-4.090.029199.7
4.09-500.025199

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換
Phasing dmFOM : 0.46 / FOM acentric: 0.46 / FOM centric: 0.52 / 反射: 20673 / Reflection acentric: 19853 / Reflection centric: 820
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-19.920.890.890.7889580194
3.6-5.70.880.880.8227802612168
2.9-3.60.720.730.6334973347150
2.5-2.90.510.510.4834753356119
2.1-2.50.260.260.2861775991186
2-2.10.090.090.1138493746103
Phasing MIR解像度: 2.3→20 Å / FOM: 0.36 / 反射: 13335
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
7.92-200.56681
5.12-7.920.521142
4.04-5.120.441448
3.44-4.040.381695
3.05-3.440.371851
2.76-3.050.342039
2.55-2.760.282170
2.37-2.550.222309

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMACrefmac_5.2.0001精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
ARP/wARPモデル構築
精密化解像度: 1.89→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.703 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24419 2360 9.8 %RANDOM
Rwork0.20726 ---
obs0.21098 21803 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20.55 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 13 54 2461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.9433357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70535272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3625296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4923.097113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53415424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7331516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.22156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.02621489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5422610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08432389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1321117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1273968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 165 -
Rwork0.253 1464 -
obs--90.3 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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