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- PDB-1vju: Coproporphyrinogen III oxidase from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vju
タイトルCoproporphyrinogen III oxidase from Leishmania major
要素Coproporphyrinogen III oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / chloroplast stroma / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coproporphyrinogen III oxidase, aerobic / Coproporphyrinogen III oxidase, aerobic / Coproporphyrinogen III oxidase, conserved site / Oxygen-dependent coproporphyrinogen III oxidase superfamily / Coproporphyrinogen III oxidase / Coproporphyrinogen III oxidase signature. / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxygen-dependent coproporphyrinogen-III oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Coproporphyrinogen III oxidase from Leishmania major
著者: Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
履歴
登録2004年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE THERE WAS NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF ...SEQUENCE THERE WAS NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THIS TARGET ORF DOES NOT YET HAVE A SEQUENCE ID IN GENEDB; ITS PROVISIONAL LISTING CODE IS CHR6_TMP.82

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coproporphyrinogen III oxidase
B: Coproporphyrinogen III oxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4462
ポリマ－71,4462
非ポリマー00
水11,602644
1
A: Coproporphyrinogen III oxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7231
ポリマ－35,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coproporphyrinogen III oxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7231
ポリマ－35,7231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.649, 53.734, 66.627
Angle α, β, γ (deg.)86.456, 77.126, 61.501
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Coproporphyrinogen III oxidase


分子量: 35723.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
Plasmid details: SGPP target construct Lmaj006828AAA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84155, coproporphyrinogen oxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4 ul protein 19 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer: 29% PEG 5000MME, 200 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.401→64.55 Å / Num. all: 238100 / Num. obs: 116623 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.85 % / Limit h max: 37 / Limit h min: -37 / Limit k max: 38 / Limit k min: -38 / Limit l max: 47 / Limit l min: -47 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.62 / 反射: 56354
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1110.97957.41-4.12
1120.97973.58-14.8
1130.97875.29-7.5
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
137.74444.4029.289S201
223.93222.994-7.912S200.924
339.69520.37516.615S200.854
416.63531.2140.09S200.754
526.09846.9490.005S200.698
647.09528.769.215S200.571
740.58652.9287.028S200.38
823.22156.3541.998S200.35
96.21711.9-20.816S200.235
10-4.0290.128-16.016S200.115
1145.76234.49417.181S200.052
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6.54-500.72558
4.11-6.540.624621
3.2-4.110.665994
2.71-3.20.697022
2.4-2.710.677966
2.17-2.40.648714
2-2.170.599453
1.86-20.5210026
Phasing dmFOM : 0.83 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0 / 反射: 56354 / Reflection acentric: 56354 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.1-41.5410.960.960243724370
3.2-5.10.960.960761776170
2.6-3.20.920.920953195310
2.3-2.60.870.870955195510
1.9-2.30.80.8016890168900
1.8-1.90.650.65010328103280

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
SHELX位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0000 24/04/2001精密化
SHELXD位相決定
精密化解像度: 1.401→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.806 / SU ML: 0.033 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1804 5858 5.023 %
Rwork0.1514 --
obs-116622 -
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.007 Å2-0.287 Å20.281 Å2
2--0.314 Å2-0.06 Å2
3----0.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4694 0 0 644 5338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5221.9186541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07739756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9795582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12423.216255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56315746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8441540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.24186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2080.22388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.22734
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4350.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2810.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.83623053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6721208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.49134630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.07233991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74722183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.28824079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.33331911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.68935765
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.401-1.43710.254320.22477399040
1.437-1.47640.244280.278438854
1.476-1.51910.2033960.17777088631
1.519-1.56580.2113940.16475128362
1.566-1.61710.2033820.1572978104
1.617-1.67370.1893960.14970447841
1.674-1.73680.1673470.14468587559
1.737-1.80760.1623280.14266647306
1.808-1.88780.1873300.14163546959
1.888-1.97970.1723570.13960696672
1.98-2.08650.1532990.13558416364
2.087-2.21270.1532950.13354925984
2.213-2.3650.1572450.13252665688
2.365-2.55370.1652730.13947765218
2.554-2.79630.1872380.14744144833
2.796-3.12450.1811980.15540114383
3.124-3.60410.2011780.14735003872
3.604-4.40520.1541570.14629153261
4.405-6.19250.1931230.17522342511
6.192-400.224620.22512271421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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