PDB-1vjq: Designed protein based on backbone conformation of procarboxypept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vjq

タイトル

Designed protein based on backbone conformation of procarboxypeptidase-A (1AYE) with sidechains chosen for maximal predicted stability.

要素

designed protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / DE NOVO PROTEIN / ENGINEERED PROTEIN / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

Metallocarboxypeptidase-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Baker, D. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Designed protein based on backbone conformation of procarboxypeptidase-A (1AYE) with sidechains chosen for maximal predicted stability.
著者: Kuhlman, B. / Dantas, G. / Merritt, E.A. / Baker, D.

履歴

登録	2004年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 999

SEQUENCE DESIGNED PROTEIN BASED ON PROCARBOXYPEPTIDASE-A BACKBONE (1AYE) WITH SIDECHAINS CHOSEN FOR ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vjq.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vjq.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vjq_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vjq_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	1vjq_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	1vjq_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qh8-2 3iql-d 3dvh-2 4gsw-d 1alu-d 2ek1-3 3sgr-3 3oe3-3 2f3y-d 2f3z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: DBsf000001AYE

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: designed protein

B: designed protein

18.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.442, 65.041, 39.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	designed protein 分子量: 9144.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現解説: Cloned as fusion with structural genomics target Lmaj000047AAA Plasmid details: Designed protein Cloned as fusion with structural genomics target Lmaj000047AAA プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1 ul protein 6.87 mg/ml 1 ul crystallization buffer 20% PEG 1000, 40 mM CaCl, 100 mM NaAc 1 ul micro-seeds of sulfur-Met protein in crystallization buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97954

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月7日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97954 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.098→44.721 Å / Num. obs: 8236 / % possible obs: 85 % / Limit h max: 29 / Limit h min: 0 / Limit k max: 30 / Limit k min: 0 / Limit l max: 18 / Limit l min: 0 / R_merge(I) obs: 0.108

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID
2.1-2.18	32.9	0.375	1
2.18-2.26	53.3	0.393	1
2.26-2.37	71.9	0.362	1
2.37-2.49	89.1	0.34	1
2.49-2.65	99.6	0.301	1
2.65-2.85	100	0.255	1
2.85-3.14	100	0.17	1
3.14-3.59	100	0.102	1
3.59-4.52	100	0.071	1
4.52-50	100	0.066	1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.48 / 反射: 7069

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	1	1	0.9795	8.2	-7.1
1	1	2	0.9797	3	-12.4
1	1	3	0.9787	5.2	-5.2

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	35.285	17.791	3.209	SE	32.4	0.55
2	36.357	16.06	6.552	SE	36.6	0.54
3	26.134	23.112	0.222	SE	60	0.71
4	25.924	14.199	4.814	SE	52.1	0.51

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.33-50	0.78	391
5.24-8.33	0.79	642
4.09-5.24	0.74	806
3.47-4.09	0.66	930
3.06-3.47	0.53	1049
2.77-3.06	0.36	1146
2.55-2.77	0.25	1174
2.37-2.55	0.12	931

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.68 / 反射: 7070 / Reflection acentric: 5858 / Reflection centric: 1212

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-44.853	0.96	0.96	0.88	370	217	153
4.1-6.6	0.92	0.94	0.86	1035	788	247
3.3-4.1	0.87	0.89	0.78	1273	1033	240
2.9-3.3	0.76	0.77	0.7	1273	1074	199
2.5-2.9	0.54	0.56	0.45	2147	1866	281
2.3-2.5	0.39	0.4	0.34	972	880	92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
SHELX		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC		精密化
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.098→44.721 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 12.164 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.306 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2906	386	4.779 %
R_work	0.1991	-	-
all	0.203	-	-
obs	-	8077	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.098 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.071 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.973 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→44.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1162	0	0	66	1228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.954	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.902	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.045	27.193	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.789	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.415	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.857	3	888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.408	3	290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.381	4	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.49	4	999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.087	2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.219	2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.73	3	438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.78	3	1578

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.098-2.1521	0.17	8	0.238	172	674
2.152-2.211	0.344	13	0.232	268	688
2.211-2.2749	0.312	21	0.185	345	658
2.275-2.3447	0.353	26	0.212	390	637
2.345-2.4214	0.317	30	0.219	480	623
2.421-2.5061	0.23	18	0.199	550	615
2.506-2.6004	0.37	32	0.204	553	587
2.6-2.7062	0.381	34	0.211	528	563
2.706-2.8261	0.422	23	0.216	528	551
2.826-2.9634	0.342	27	0.207	487	514
2.963-3.123	0.253	22	0.203	464	486
3.123-3.3114	0.285	24	0.202	470	494
3.311-3.5387	0.255	19	0.196	414	433
3.539-3.8202	0.27	15	0.171	410	425
3.82-4.1818	0.238	17	0.18	363	380
4.182-4.6702	0.199	17	0.158	348	365
4.67-5.383	0.237	11	0.167	305	316
5.383-6.569	0.254	10	0.245	271	281
6.569-9.1913	0.319	12	0.22	208	220
9.191-44.7214	0.382	7	0.283	137	144

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4873	0.3681	0.6741	2.3596	-2.1134	4.2372	-0.0187	-0.0142	0.0501	0.0732	0.0086	0.1101	0.08	-0.0504	0.0101	-0.0678	-0.0112	0.0266	-0.0477	-0.0094	-0.0312	34.284	16.18	33.909
2	2.0772	0.6172	0.3848	1.7858	0.4839	1.3914	0.0021	0.0714	-0.0144	-0.0422	0.0109	-0.0119	-0.051	0.0386	-0.013	-0.0524	0.0234	-0.0143	-0.0498	0.0076	-0.0288	27.822	14.542	14.781

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 73 / Label seq-ID: 1 - 73

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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