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- PDB-1vjl: Crystal structure of a duf151 family protein (tm0160) from thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vjl
タイトルCrystal structure of a duf151 family protein (tm0160) from thermotoga maritima at 1.90 A resolution
要素hypothetical protein TM0160
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / VCB complex / protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能
Bifunctional nuclease domain / Bifunctional nuclease domain / Bifunctional nuclease domain / Bifunctional nuclease superfamily / Bifunctional nuclease domain / Bifunctional nuclease (BFN) domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / BFN domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: On the use of DXMS to produce more crystallizable proteins: structures of the T. maritima proteins TM0160 and TM1171.
著者: Spraggon, G. / Pantazatos, D. / Klock, H.E. / Wilson, I.A. / Woods, V.L. / Lesley, S.A.
履歴
登録2004年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年3月16日ID: 1O5Y
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN CONTINUOUS, UNINTERPRETABLE ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES (5,121,126) IN BOTH SUBUNITS ...HETEROGEN CONTINUOUS, UNINTERPRETABLE ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES (5,121,126) IN BOTH SUBUNITS IS LISTED AS UNL, AN UNKNOWN LIGAND CONTAINING OXYGENS.
Remark 999SEQUENCE BOTH CHAINS WERE TRUNCATIONS OF THE ORIGINAL SEQUENCE TRUNCATED AT RESIDUE 145, THEN ...SEQUENCE BOTH CHAINS WERE TRUNCATIONS OF THE ORIGINAL SEQUENCE TRUNCATED AT RESIDUE 145, THEN HAVING THE ADDITIONAL RDLINSR, A C-TERMINAL EPITOPE TAG.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM0160
B: hypothetical protein TM0160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3196
ポリマ－37,2482
非ポリマー714
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.509, 51.061, 72.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM0160


分子量: 18623.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: predicted protein related to wound inducive proteins in plants
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY07
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4549.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.510 % isopropanol, 20 % PEG 4000; 0.1 M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.510 % isopropanol, 20 % PEG 4000; 0.1 M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンALS 5.0.311
シンクロトロンALS 5.0.220.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2003年6月15日
ADSC2CCD2003年6月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double-crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.18 % / Biso Wilson estimate: 42.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 19.58
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.31 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.9999精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.199 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CHLORINE WAS MODELED SINCE IT OCCURS IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER AND RESULTED IN NO RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY AT THE SITES. 3. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CHLORINE WAS MODELED SINCE IT OCCURS IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER AND RESULTED IN NO RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY AT THE SITES. 3. CONTINUOUS, UNINTERPRETABLE ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES (5,121,126) IN BOTH SUBUNITS IS LISTED AS UNL, AN UNKNOWN LIGAND CONTAINING OXYGENS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1214 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 23110 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3 Å20 Å20.25 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3---2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 8 164 2347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9643008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81334955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2075276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.58924.13887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65515392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0791.51494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4722274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2593865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2984.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.397 81
Rwork0.352 1652
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3987-2.2082-0.44672.45540.1661.0827-0.0223-0.3151-0.26330.03410.15060.12090.02670.0198-0.1283-0.1363-0.0309-0.0073-0.20570.0475-0.26223.87560.38618.3276
211.97978.537412.136159.846743.489361.8614-1.03890.27950.1675-0.71780.59121.9923-0.0686-0.23890.44770.0821-0.0387-0.01550.15030.08850.0426-23.11114.155.3214
313.4063-5.38936.430217.71635.246712.75340.52590.723-0.952-1.43350.0189-0.04480.09040.4076-0.54480.07710.1042-0.0355-0.1385-0.09920.12423.1897-19.22919.0967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1B0 - 130
3X-RAY DIFFRACTION1A301
4X-RAY DIFFRACTION1A401 - 406
5X-RAY DIFFRACTION2A141 - 150
6X-RAY DIFFRACTION3B131 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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