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万見
- PDB-1vji: Gene Product of At1g76680 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vji
タイトルGene Product of At1g76680 from Arabidopsis thaliana
要素12-oxophytodienoate reductase (OPR1)
キーワードPLANT PROTEIN / Structural genomics / Arabidopsis Thaliana / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Protein Structure Initiative / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / oxylipin biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 12-oxophytodienoate reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of Arabidopsis At1g77680, 12-oxophytodienoate reductase isoform 1.
著者: Fox, B.G. / Malone, T.E. / Johnson, K.A. / Madson, S.E. / Aceti, D. / Bingman, C.A. / Blommel, P.G. / Buchan, B. / Burns, B. / Cao, J. / Cornilescu, C.C. / Doreleijers, J. / Ellefson, J. / ...著者: Fox, B.G. / Malone, T.E. / Johnson, K.A. / Madson, S.E. / Aceti, D. / Bingman, C.A. / Blommel, P.G. / Buchan, B. / Burns, B. / Cao, J. / Cornilescu, C.C. / Doreleijers, J. / Ellefson, J. / Frederick, R. / Geetha, H. / Hruby, D. / Jeon, W.B. / Kimball, T. / Kunert, J. / Markley, J.L. / Newman, C. / Olson, A. / Peterson, F.C. / Phillips, G.N. / Primm, J. / Ramirez, B. / Rosenberg, N.S. / Runnels, M. / Seder, K. / Shaw, J. / Smith, D.W. / Sreenath, H. / Song, J. / Sussman, M.R. / Thao, S. / Troestler, D. / Tyler, E. / Tyler, R. / Ulrich, E. / Vinarov, D. / Vojtik, F. / Volkman, B.F. / Wesenberg, G. / Wrobel, R.L. / Zhang, J. / Zhao, Q. / Zolnai, Z.
履歴
登録2004年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年4月6日Group: Database references
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE AUTHORS ARE UNCERTAIN OF THE BIOLOGICAL UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase (OPR1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6722
ポリマ－41,2161
非ポリマー4561
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.688, 88.066, 149.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate reductase (OPR1)


分子量: 41215.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g76680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LAH7
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Methyl ether, Polyethylene glycol 5k,Calcium Chloride, MES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.0
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH8.0
3100 mM1dropNaCl
40.3 mMTCEP1drop
58.75-10 %PEG5000 MME1reservoir
60.1 MTEA1reservoirpH8.0
70.275-0.35 Mglycine1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月26日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20816 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.875192
2.05-2.10.651193.6
2.1-2.150.507194.5
2.15-2.220.414196.4
2.22-2.290.349197.8
2.29-2.370.291199.2
2.37-2.470.26199.2
2.47-2.580.199199.9
2.58-2.710.1561100
2.71-2.880.108199.9
2.88-3.110.0761100
3.11-3.420.0541100
3.42-3.910.0341100
3.91-4.930.0261100
4.93-500.025199.9
反射
*PLUS
最低解像度: 43.85 Å / Num. obs: 20780 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.816

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.1 / Cor.coef. Fo:Fc: 59 / Cor.coef. Io to Ic: 35.6
最高解像度最低解像度
Translation3 Å30 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
AMoRECCP4 4.2位相決定
REFMACrefmac_5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.4データ抽出
精密化解像度: 2.003→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 5.781 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1072 5.159 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
all0.21 ---
obs-19708 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.713 Å20 Å20 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----1.176 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 31 107 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0212855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.9623881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1115349
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21945
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2191.51745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96622813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04531110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2184.51068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.003-2.05470.347810.27212911518
2.055-2.1110.359660.21813581517
2.111-2.17210.352870.26512971464
2.172-2.23890.3660.2513171422
2.239-2.31230.331690.23512881380
2.312-2.39340.36600.21312551323
2.393-2.48360.275690.20412261306
2.484-2.58490.35640.20911831248
2.585-2.69970.317650.22111121177
2.7-2.83130.274710.22210781150
2.831-2.98420.35520.21610491101
2.984-3.16490.283580.2179711029
3.165-3.3830.289550.224931986
3.383-3.65340.299350.199879914
3.653-4.00110.217390.171802841
4.001-4.47180.24410.165734775
4.472-5.16050.259290.164664693
5.161-6.31270.307300.197559589
6.313-8.89570.268250.202441466
8.896-74.53560.319100.237273283
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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