PDB-1vjg: Crystal structure of a gdsl-like lipase (alr1529) from nostoc sp....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vjg

タイトル

Crystal structure of a gdsl-like lipase (alr1529) from nostoc sp. pcc 7120 at 2.01 A resolution

要素

putative lipase from the G-D-S-L family

キーワード

HYDROLASE / Putative lipase from the g-d-s-l family / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase Iah1-like / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Alr1529 protein

機能・相同性情報

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative lipase from the G-D-S-L family from Nostoc sp. at 2.01 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vjg.cif.gz	56.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vjg.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vjg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vjg_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vjg_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	1vjg_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	1vjg_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3v77-2 3v77-3 6pvf-d 5tue-1 4bk3-d 4w7j-4 6pvj-d 4v0h-1 1pxc-d 1cc6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 354318

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative lipase from the G-D-S-L family

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative lipase from the G-D-S-L family

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.192, 56.192, 129.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	putative lipase from the G-D-S-L family 分子量: 25133.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: ALR1529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YWS4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 10% iso-propanol, 20% PEG-4000, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→43.32 Å / Num. obs: 15039 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 57.4 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1526 / R_sym value: 0.277 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→43.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.678 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21832	749	5 %	RANDOM
R_work	0.17247	-	-	-
obs	0.17454	14261	90.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0.99 Å²	0 Å²
2-	-	1.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	0	92	1703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.435	1.935	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.937	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.044	3	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.649	5	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.826	8	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.6	11	639

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.061 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	39	5.23 %
R_work	0.203	706	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.66 Å / Origin y: 36.085 Å / Origin z: 16.352 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0397 Å²	0.0169 Å²	-0.0072 Å²	-	0.1226 Å²	0.0083 Å²	-	-	0.0042 Å²
L	0.7576 °²	-0.1702 °²	0.2178 °²	-	1.4352 °²	0.7349 °²	-	-	2.7323 °²
S	0.062 Å °	-0.0223 Å °	-0.1029 Å °	0.0162 Å °	-0.1153 Å °	0.0556 Å °	0.3057 Å °	0.0022 Å °	0.0533 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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