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万見
- PDB-1vjf: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE DNA-BINDING PROTEIN (CC_0111) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vjf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE DNA-BINDING PROTEIN (CC_0111) FROM CAULOBACTER CRESCENTUS CB15 AT 1.62 A RESOLUTION
要素DNA-binding protein, putative
キーワードDNA BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA deacylase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Prolyl-tRNA editing protein ProX/PRXD1 / YbaK protein / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus CB15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative DNA-binding protein from Caulobacter crescentus at 1.62 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2514
ポリマ－20,0311
非ポリマー2203
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.891, 50.891, 121.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-343-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein, putative


分子量: 20031.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus CB15 (バクテリア)
生物種: Caulobacter vibrioides / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ABV9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.73 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.8
詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M NaCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0000, 0.9796, 0.9794
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月1日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97941
反射解像度: 1.62→60.72 Å / Num. obs: 20981 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 25.41 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1498 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0000精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.62→46.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.609 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16673 1077 5.1 %RANDOM
Rwork0.14488 ---
obs0.146 19865 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 13 172 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9561828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81932977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3295168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74624.3158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46915236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.666157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3753900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5413344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67851362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4318541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.98911465
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 71 4.75 %
Rwork0.185 1424 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.916 Å / Origin y: 9.972 Å / Origin z: 79.249 Å
111213212223313233
T-0.0695 Å20.0211 Å20.0086 Å2--0.0156 Å20.0178 Å2---0.0971 Å2
L1.5754 °2-0.128 °2-0.4375 °2-0.8905 °20.4608 °2--0.9649 °2
S-0.1337 Å °-0.1335 Å °-0.0419 Å °0.0789 Å °0.0699 Å °0.0422 Å °0.1249 Å °0.0921 Å °0.0638 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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