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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vj4 | ||||||||||||||||||
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タイトル | SEQUENCE-DEPENDENT CONFORMATION OF AN A-DNA DOUBLE HELIX: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE OCTAMER D(G-G-T-A-T-A-C-C) | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Kennard, O. / Cruse, W.B. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Sequence-dependent conformation of an A-DNA double helix: The crystal structure of the octamer d(G-G-T-A-T-A-C-C) 著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Kennard, O. / Cruse, W.B. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A. #1: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981 タイトル: Crystalline A-DNA. The X-Ray Analysis of the Fragment d(G-G-T-A-T-A-C-C) 著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Cruse, W.B.T. / Egert, E. / Kennard, O. / Sala, G. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vj4.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vj4.ent.gz | 9.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vj4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vj4_validation.pdf.gz | 324.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vj4_full_validation.pdf.gz | 328.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vj4_validation.xml.gz | 1.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vj4_validation.cif.gz | 2.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vj4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: pH 6.90, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CORELS / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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