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- PDB-1vj2: Crystal structure of a novel family of manganese-containing cupin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vj2
タイトルCrystal structure of a novel family of manganese-containing cupin (tm1459) from thermotoga maritima at 1.65 A resolution
要素novel manganese-containing cupin TM1459
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Novel manganese-containing cupin / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Unknown ligand / Cupin type-2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a novel manganese-containing cupin (TM1459) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution.
著者: Jaroszewski, L. / Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / McMullan, D. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, ...著者: Jaroszewski, L. / Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / McMullan, D. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Levin, I. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rezezadeh, F. / Robb, A. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年12月9日ID: 1O5N
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE ACTIVE SITE OF SUBUNIT A NEAR CYS106 HAS BEEN MODELED AS TYPE UNL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: novel manganese-containing cupin TM1459
B: novel manganese-containing cupin TM1459
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2915
ポリマ－29,1812
非ポリマー1103
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.550, 52.550, 96.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 novel manganese-containing cupin TM1459


分子量: 14590.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.2
詳細: 50% (v/v) PEG-200, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2 0.2M NaCl, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
410 mg/mlprotein1drop
550 %PEG2001reservoir
60.2 M1reservoirNaCl
70.1 Msodium phosphate-citrate1reservoirpH4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.972386
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月9日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.13 Å / Num. all: 35029 / Num. obs: 35029 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.49 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4592 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. measured all: 124395 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.577

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FI2

1fi2


解像度: 1.65→33.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.097 / SU ML: 0.097 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE BOUND METAL WAS IDENTIFIED AS TRANSITION METAL BY ITS COORDINATION GEOMETRY, AND AS MANGANESE BY COMPARISON WITH THE HOMOLOGOUS ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE BOUND METAL WAS IDENTIFIED AS TRANSITION METAL BY ITS COORDINATION GEOMETRY, AND AS MANGANESE BY COMPARISON WITH THE HOMOLOGOUS STRUCTURE TM1287 (1O4T) AS WELL AS BY HAVING BEST B-FACTOR AGREEMENT WITH SURROUNDING ATOMS. 3. THE ACTIVE SITE OF SUBUNIT A NEAR CYS106 HAS BEEN MODELED AS TYPE UNL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24859 1729 4.9 %RANDOM
Rwork0.20817 ---
obs0.21015 33262 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 6 169 2025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9582548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85434090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9715226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.82923.91392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15715350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5961514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1791.51472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35121844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5093860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3384.5704
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 100 4.43 %
Rwork0.31 2159 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08660.2610.16282.58190.12443.085-0.1230.13560.0144-0.23570.1545-0.2043-0.01590.1418-0.0314-0.0697-0.07590.0396-0.1221-0.0145-0.071430.94882.1018-1.118
20.7375-0.208-0.31282.6298-0.0483.1667-0.1185-0.0741-0.05780.22930.1742-0.22280.1390.2142-0.0557-0.05130.0795-0.0339-0.1289-0.0264-0.050832.7388-0.6720.0896
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 11418 - 126
21BB1 - 513 - 17
32BB6 - 11418 - 126
42AA1 - 513 - 17
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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