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万見
- PDB-1vj1: Crystal structure of putative NADPH-dependent oxidoreductase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vj1
タイトルCrystal structure of putative NADPH-dependent oxidoreductase from Mus musculus at 2.10 A resolution
要素putative NADPH-dependent oxidoreductase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PUTATIVE NADPH-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / : / prostaglandin metabolic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prostaglandin reductase 2 / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Prostaglandin reductase 2 / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a putative NADPH-dependent oxidoreductase (GI: 18204011) from mouse at 2.10 A resolution
著者: Levin, I. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Cambell, J. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / ...著者: Levin, I. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Cambell, J. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Reyes, R. / Robb, A. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / von Delft, F. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative NADPH-dependent oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9741
ポリマ－39,9741
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.386, 91.805, 100.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 putative NADPH-dependent oxidoreductase


分子量: 39973.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ZADH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDQ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.1
詳細: 0.1M Citrate pH 5.1, 0.2M NH4OAc, 15% PEG-4000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 5.10
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
418 mg/mlprotein1drop
515 %PEG40001reservoir
60.2 Mammonium acetate1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoirpH5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97950, 0.9793, 0.9567
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.95671
反射解像度: 2.1→100.56 Å / Num. obs: 22460 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41.59 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 74.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50.28 Å / Num. obs: 22433 / Num. measured all: 135157 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.9 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.52 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.168
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1123 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 21310 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 0 153 2708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9453540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82435542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.665341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.50425.321109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85215442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7591510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.22528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.36831780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5333710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25452693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.20581008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.82811846
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.371 73
Rwork0.233 1211
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02670.3164-0.23373.53140.46151.98260.0308-0.07920.00530.2789-0.02170.0342-0.0426-0.1305-0.00910.1940.0081-0.02520.08160.02070.019717.1864.3115.423
21.3515-0.19331.08331.8092-0.06653.2123-0.0451-0.07450.03380.04930.13240.0278-0.1994-0.1416-0.08730.207-0.01210.03550.09710.05310.104519.35447.14139.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 13111 - 143
2X-RAY DIFFRACTION1AA315 - 351327 - 363
3X-RAY DIFFRACTION2AA132 - 314144 - 326
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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