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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vio | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pseudouridylate synthase | ||||||
要素 | Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A | ||||||
キーワード | LYASE / structural genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA pseudouridine516 synthase / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Structural GenomiX | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: Structure of the pseudouridine synthase RsuA from Haemophilus influenzae. 著者: Matte, A. / Louie, G.V. / Sivaraman, J. / Cygler, M. / Burley, S.K. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project 著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vio.cif.gz | 115 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vio.ent.gz | 88.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vio_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vio_full_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vio_validation.xml.gz | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vio_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/1vio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/1vio | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27474.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: RSUA, HI1243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45124, pseudouridylate synthase #2: 化合物 | ChemComp-BU1 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9793 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→22.14 Å / Num. all: 80022 / Num. obs: 80022 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.01109 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 80195 / Num. measured all: 587441 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→22.14 Å / σ(F): 0 /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 165.646 Å2 / ksol: 0.783 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.208 Å2
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Refine Biso | クラス: all / Treatment: isotropic | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→22.14 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 22.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 1.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Num. reflection Rfree: 3437 / Num. reflection Rwork: 65715 |