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- PDB-1vif: STRUCTURE OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vif
タイトルSTRUCTURE OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / TRIMETHOPRIM RESISTANCE METHOTREXATE RESISTANCE / ONE-CARBON METABOLISM / PLASMID
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methotrexate / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase, type II / R67 dihydrofolate reductase / SH3 type barrels. - #60 / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / Dihydrofolate reductase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Narayana, N. / Matthews, D.A. / Howell, E.E. / Xuong, N.-H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: A plasmid-encoded dihydrofolate reductase from trimethoprim-resistant bacteria has a novel D2-symmetric active site.
著者: Narayana, N. / Matthews, D.A. / Howell, E.E. / Nguyen-huu, X.
#1: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1993
タイトル: Does R67 Dihydrofolate Reductase Possess a Proton Donor?
著者: Holland, J.C. / Linn, C.E. / Digiammarino, E. / Nichols, R. / Howell, E.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Construction of a Synthetic Gene for an R-Plasmid-Encoded Dihydrofolate Reductase and Studies on the Role of the N-Terminus in the Protein
著者: Reece, L.J. / Nichols, R. / Ogden, R.C. / Howell, E.E.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Crystal Structure of a Novel Trimethoprim-Resistant Dihydrofolate Reductase Specified in Escherichia Coli by R-Plasmid R67
著者: Matthews, D.A. / Smith, S.L. / Baccanari, D.P. / Burchall, J.J. / Oatley, S.J. / Kraut, J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: The Amino Acid Sequence of the Trimethoprim-Resistant Dihydrofolate Reductase Specified in Escherichia Coli by R-Plasmid R67
著者: Stone, D. / Smith, S.L.
#5: ジャーナル: Br.Med.J. / 年: 1972
タイトル: Trimethoprim Resistance Determined by R Factors
著者: Fleming, M.P. / Datta, N. / Gruneberg, R.N.
履歴
登録1996年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1742
ポリマ－6,7331
非ポリマー4411
水79344
1
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6968
ポリマ－26,9304
非ポリマー1,7664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)68.750, 68.750, 52.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE / R67 DHFR


分子量: 6732.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
株: TMP-RESISTANT, CONTAINING R67 DHFR OVERPRODUCING PLASMID PLZ1
遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PLZ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00383, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細R67 PLASMID-ENCODED DHFR HAS 78 AMINO ACID RESIDUES. THE PRESENT STUDY DESCRIBES THE TRUNCATED FORM ...R67 PLASMID-ENCODED DHFR HAS 78 AMINO ACID RESIDUES. THE PRESENT STUDY DESCRIBES THE TRUNCATED FORM OF R67 DHFR (62 RESIDUES) OBTAINED BY CLEAVING THE FULL-LENGTH PROTEIN AT PHE 16 USING CHYMOTRYPSIN.
非ポリマーの詳細THE TWO MUTUALLY EXCLUSIVE FOLATE MOLECULES AT 1/4 OCCUPANCY ARE LABELLED AS FOL 1 WITH ALTERNATE ...THE TWO MUTUALLY EXCLUSIVE FOLATE MOLECULES AT 1/4 OCCUPANCY ARE LABELLED AS FOL 1 WITH ALTERNATE LOCATIONS A AND B. HOWEVER, DENSITY IS SEEN ONLY FOR THE PTERIDINE PORTION. THUS ATOMIC COORDINATES FOR THE PARA AMINO BENZOYL GLUTAMATE MOIETY ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. THE WATER MOLECULE 124 HAS 1/2 OCCUPANCY. IT OCCUPIES THE POSITION OF O4 OF THE PTERIDINE RING IN ITS ABSENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING- DROPS CONTAINING PROTEIN AT A FINAL CONCENTRATION OF ABOUT 18 MG/ML, 30 MM FOLATE, 40 MM BICINE BUFFER AT PH 8.0 AND 18% 2-METHYL-2,4-PENTANE DIOL (MPD). ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING- DROPS CONTAINING PROTEIN AT A FINAL CONCENTRATION OF ABOUT 18 MG/ML, 30 MM FOLATE, 40 MM BICINE BUFFER AT PH 8.0 AND 18% 2-METHYL-2,4-PENTANE DIOL (MPD). DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR CONTAINING 100 MM KH2PO4 BUFFER AT PH 6.8 AND 50% MPD. THE CRYSTALS WERE FURTHER SOAKED IN 100 MM FOLATE FOR 3 DAYS., vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 6.8-8.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlprotein1drop
240 mMbicine1drop
318 %MPD1drop
4100 mMpotassium phosphate1reservoir
550 %MPD1reservoir
630 mMfolate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年3月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 6094 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
UCSDデータ削減
UCSDデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VIE

1vie


解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.176 --
obs0.176 6040 100 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数457 0 26 44 527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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