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万見
- PDB-1vhn: Crystal structure of a putative flavin oxidoreductase with flavin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vhn
タイトルCrystal structure of a putative flavin oxidoreductase with flavin
要素putative flavin oxidoreductase
キーワードStructural genomics / unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Putative flavin oxidoreducatase; domain 2 / tRNA-dihydrouridine synthase, TIM-barrel, NifR3 / tRNA-dihydrouridine synthase, putative, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Aldolase class I ...Putative flavin oxidoreducatase; domain 2 / tRNA-dihydrouridine synthase, TIM-barrel, NifR3 / tRNA-dihydrouridine synthase, putative, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / tRNA-dihydrouridine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Se-Met SAD phasing / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Structural GenomiX
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: The 1.59 A resolution crystal structure of TM0096, a flavin mononucleotide binding protein from Thermotoga maritima.
著者: Park, F. / Gajiwala, K. / Noland, B. / Wu, L. / He, D. / Molinari, J. / Loomis, K. / Pagarigan, B. / Kearins, P. / Christopher, J. / Peat, T. / Badger, J. / Hendle, J. / Lin, J. / Buchanan, S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J.
履歴
登録2003年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6405
ポリマ－36,8951
非ポリマー7454
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.279, 96.442, 93.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

21A-574-

HOH

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要素

#1: タンパク質 putative flavin oxidoreductase


分子量: 36895.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: yacF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXV1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.5
3150 mM1dropNaCl
41 mMbeta-mercaptoethanol1drop
510 mMmethionine1drop
610 %glycerol1drop
715 %(w/v)PEG40001reservoir
8300 mMammonium sulfate1reservoir
928.4 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
10100 mMMES1reservoirpH5.5

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→30.85 Å / Num. all: 48147 / Num. obs: 48147 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
冗長度: 7 % / Num. measured all: 338732
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
REFMAC4精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Se-Met SAD phasing / 解像度: 1.59→30.85 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.227 2435
Rwork0.189 -
obs-48146
溶媒の処理溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 334.041 Å2 / ksol: 0.999 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.906 Å20 Å20 Å2
2--1.634 Å20 Å2
3----0.728 Å2
Refine Biso クラス: all / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→30.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 46 315 2748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.983
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.475
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.126
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.403
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.44
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.61
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.772
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 48147 / Num. reflection Rfree: 2351 / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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