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- PDB-1vhi: EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1 DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vhi
タイトルEPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1 DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 470-607
要素EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / DNA-BINDING / ACTIVATOR / ORIGIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response ...host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bochkarev, A. / Barwell, J. / Pfuetzner, R. / Furey, W. / Edwards, A. / Frappier, L.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of the Epstein-Barr virus origin-binding protein EBNA 1.
著者: Bochkarev, A. / Barwell, J.A. / Pfuetzner, R.A. / Furey Jr., W. / Edwards, A.M. / Frappier, L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Overexpression, Purification, and Crystallization of the DNA Binding and Dimerization Domains of the Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen 1
著者: Barwell, J.A. / Bochkarev, A. / Pfuetzner, R.A. / Tong, H. / Yang, D.S. / Frappier, L. / Edwards, A.M.
履歴
登録1996年10月5日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1
B: EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7272
ポリマ－30,7272
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 69.080, 70.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1 / EBNA1


分子量: 15363.729 Da / 分子数: 2
断片: DNA-BINDING AND DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 470 - 607
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Lymphocryptovirus / 株: GD1 / 遺伝子: E2 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, 50 MM MES PH 6.0 AND 100 MM NACL. SEE REFERENCE 1 FOR MORE DETAILS., vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17-8 mg/mlprotein1drop
21 mMHEPES1drop
3500 mM1dropNaCl
410 mMDTT1drop
550 mMMES1reservoir
60-150 mM1reservoirNaCl
710 mMDTT1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月7日 / 詳細: DOUBLE MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 10110 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 83324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.179 --
obs0.179 9721 95.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 0 71 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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