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- PDB-1vhh: A POTENTIAL CATALYTIC SITE WITHIN THE AMINO-TERMINAL SIGNALLING D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vhh
タイトルA POTENTIAL CATALYTIC SITE WITHIN THE AMINO-TERMINAL SIGNALLING DOMAIN OF SONIC HEDGEHOG
要素SONIC HEDGEHOG
キーワードSIGNALLING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral motor column neuron differentiation / forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development ...lateral motor column neuron differentiation / forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / fungiform papilla morphogenesis / ventral spinal cord interneuron specification / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / striated muscle tissue development / tongue morphogenesis / Activation of SMO / trachea development / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / : / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / positive regulation of penile erection / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / neural tube formation / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / epithelial-mesenchymal cell signaling / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / laminin-1 binding / tongue development / lung epithelium development / salivary gland cavitation / Hedgehog ligand biogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / negative regulation of cholesterol efflux / spinal cord motor neuron differentiation / myotube differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / cell development / neuron fate specification / male genitalia morphogenesis / prostate gland development / intermediate filament organization / embryonic skeletal system development / stem cell development / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / limb bud formation / animal organ formation / patched binding / positive regulation of skeletal muscle tissue development / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / mesenchymal cell proliferation / hindbrain development / fungiform papilla formation / ectoderm development / cerebellar granule cell precursor proliferation / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / self proteolysis / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / artery development / branching involved in prostate gland morphogenesis / embryonic morphogenesis / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative thymic T cell selection / male genitalia development / pattern specification process
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hall, T.M.T. / Porter, J.A. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: A potential catalytic site revealed by the 1.7-A crystal structure of the amino-terminal signalling domain of Sonic hedgehog.
著者: Hall, T.M. / Porter, J.A. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
履歴
登録1995年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SONIC HEDGEHOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7063
ポリマ－18,5451
非ポリマー1612
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.700, 79.000, 35.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 50

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要素

#1: タンパク質 SONIC HEDGEHOG / HHG-1 / VHH-1


分子量: 18544.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62226
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
由来についての詳細THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF MURINE SONIC HEDGEHOG WAS EXPRESSED AS A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE ...THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF MURINE SONIC HEDGEHOG WAS EXPRESSED AS A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FUSION PROTEIN USING THE PGEX2T VECTOR. THE FUSION PROTEIN WAS CLEAVED WITH THROMBIN TO RELEASE THE SONIC HEDGEHOG FRAGMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 35 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.4 mg/mlprotein1drop
21.4 mMbeta-mercaptoethanol1drop
330 %PEG80001reservoir
40.12 Mammonium sulfate1reservoir
510 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9686, 0.9792, 0.9793, 0.9879
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.97921
30.97931
40.98791
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 14968 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 -5 %
Rwork0.191 --
obs0.191 14783 83.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 10.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 0 6 360 1926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.968
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.42
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.385
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.42
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.385
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.77
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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