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- PDB-1vh5: Crystal structure of a putative thioesterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vh5
タイトルCrystal structure of a putative thioesterase
要素Hypothetical protein ydiI
キーワードStructural genomics / unknown function / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase / acyl-CoA hydrolase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / menaquinone biosynthetic process / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase, MenI / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J.
履歴
登録2003年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / software
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _software.name
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ydiI
B: Hypothetical protein ydiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6512
ポリマ－32,6512
非ポリマー00
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.624, 69.937, 49.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-279-

HOH

21B-274-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ydiI


分子量: 16325.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YDII, B1686 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77781
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES1droppH7.5
2150 mM1dropNaCl
310 mMmethionine1drop
410 %glycerol1drop
55 mMdithiothreitol1drop
610 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9794, 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.54181
反射解像度: 1.28→52.71 Å / Num. obs: 67624 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.47 Å / Num. obs: 47125 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 5.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
REFMAC4精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.34→12.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 2991
Rwork0.188 -
obs-59025
溶媒の処理溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 59.753 Å2 / ksol: 0.631 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.906 Å20 Å20 Å2
2--0.458 Å20 Å2
3---0.448 Å2
Refine Biso クラス: all / Treatment: anisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→12.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 0 380 2546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.733
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.481
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.779
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.107
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.113
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.956
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.47 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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