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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vgi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of xenon bound rat heme-heme oxygenase-1 complex | ||||||
要素 | Heme oxygenase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / hydrophobic cavity / xenon binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / cellular response to cisplatin / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of mast cell cytokine production / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / cellular response to nutrient / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of macroautophagy / phospholipid metabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to cadmium ion / caveola / liver regeneration / macroautophagy / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / regulation of blood pressure / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sugishima, M. / Sakamoto, H. / Noguchi, M. / Fukuyama, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: CO-trapping site in heme oxygenase revealed by photolysis of its co-bound heme complex: mechanism of escaping from product inhibition 著者: Sugishima, M. / Sakamoto, H. / Noguchi, M. / Fukuyama, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vgi.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vgi.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vgi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30612.496 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pBAce / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P06762, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-XE / |
#4: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium formate, potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 24007 / Num. obs: 24007 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.155 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3433 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1ULX 解像度: 1.9→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 0.038 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å
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