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万見
- PDB-1vgf: volvatoxin A2 (diamond crystal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vgf
タイトルvolvatoxin A2 (diamond crystal form)
要素volvatoxin A2
キーワードTOXIN / pore formation / fungus / cardiotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like / Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Volvatoxin A2
類似検索 - 構成要素
生物種Volvariella volvacea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lin, S.-C. / Lo, Y.-C. / Lin, J.-Y. / Liaw, Y.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures and electron micrographs of fungal volvatoxin A2
著者: Lin, S.-C. / Lo, Y.-C. / Lin, J.-Y. / Liaw, Y.-C.
履歴
登録2004年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: volvatoxin A2
B: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1279
ポリマ－44,7142
非ポリマー4137
水61334
1
A: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5344
ポリマ－22,3571
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5935
ポリマ－22,3571
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.310, 56.310, 264.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-26-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 volvatoxin A2


分子量: 22356.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Volvariella volvacea (菌類) / 参照: UniProt: Q6USC4
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.92040, 0.9201, 0.9199, 0.9070
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92041
20.92011
30.91991
40.9071
反射解像度: 2.6→28.54 Å / Num. all: 14033 / Num. obs: 14033 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 34.87 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Limit h max: 21 / Limit h min: 0 / Limit k max: 15 / Limit k min: 0 / Limit l max: 101 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 379812.15 / Observed criterion F min: 0.63 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 10.33 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
ADSC(QUANTUM)データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→28.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1371 9.8 %random
Rwork0.214 ---
all-14057 --
obs-13948 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.5819 Å2 / ksol: 0.359656 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.99 Å2 / Biso mean: 50.48 Å2 / Biso min: 19.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å20 Å20 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---3.55 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res high-2.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3094 0 0 62 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.222.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.3581528.90.29115340.0231710168698.6
2.72-2.860.3531659.70.26115280.021708169399.1
2.86-3.040.2811508.80.25315470.0211709169799.3
3.04-3.280.3351709.80.24415480.0191726171899.5
3.28-3.60.3061639.40.22915710.0181737173499.8
3.6-4.120.2391649.40.1815810.0141746174599.9
4.12-5.190.21623012.80.1715470.0111796177798.9
5.19-28.540.2731779.10.22417210.0171936189898
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4acy.paramacy.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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