PDB-1vg5: Solution Structure of RSGI RUH-014, a UBA domain from Arabidopsis cDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vg5

タイトル

Solution Structure of RSGI RUH-014, a UBA domain from Arabidopsis cDNA

要素

rhomboid family protein

キーワード

structural genomics / unknown function / UBA domain / Arabidopsis thaliana / cDNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Onuki, H. / Doi-Katayama, Y. / Hayashi, F. / Hirota, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-014, a UBA domain from Arabidopsis thaliana cDNA
著者: Onuki, H. / Doi-Katayama, Y. / Hayashi, F. / Hirota, H. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vg5.cif.gz	397.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vg5.ent.gz	333.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lfk-1 1guw-d 3guv-d 2eko-d 1um7-d 1x5n-d 3qbz-d 3c3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: atr001002820.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: rhomboid family protein

7.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	rhomboid family protein / RSGI RUH-014 分子量: 7319.033 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: Cell-free protein synthesis (E. coli) / プラスミド: P030224-40 / 参照: UniProt: Q8LB17

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0mM UBA domain U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 100mM NaCl, 1mM-d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	97.027.12.56	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.8993	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.8	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.8	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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