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- PDB-1vfy: PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vfy
タイトルPHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PROTEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FYVE DOMAIN / ENDOSOME MATURATION / INTRACELLULAR TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein maturation / microlipophagy / ESCRT-0 complex / microautophagy / protein retention in Golgi apparatus / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / multivesicular body sorting pathway / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport ...positive regulation of protein maturation / microlipophagy / ESCRT-0 complex / microautophagy / protein retention in Golgi apparatus / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / multivesicular body sorting pathway / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein secretion / ubiquitin binding / endosome / endosome membrane / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 ...: / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / ENTH/VHS / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Hurley, J.H. / Misra, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a phosphatidylinositol 3-phosphate-specific membrane-targeting motif, the FYVE domain of Vps27p.
著者: Misra, S. / Hurley, J.H.
履歴
登録1999年4月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4023
ポリマ－8,2711
非ポリマー1312
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.090, 26.570, 31.610
Angle α, β, γ (deg.)111.79, 92.70, 105.70
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27


分子量: 8271.317 Da / 分子数: 1 / 断片: 163-229, FYVE DOMAIN / 変異: 6 RESIDUES (EFIVTD) INSERTED AT C-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
細胞内の位置: CYTOPLASM, ENDOSOMAL MEMBRANES / 遺伝子: VPS27 / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P40343
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15% PEG 4000, pH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113-15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
310 mMdithiothreitol1drop
40.2 Mammonium acetate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir
615 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2830,1.2822,1.2320
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2831
21.28221
31.2321
反射解像度: 1.15→30 Å / Num. all: 21646 / Num. obs: 20972 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.011 / % possible all: 82.3
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.15→30 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 977 4 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all-20972 --
obs-20972 85.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.119 Å20.176 Å20.537 Å2
2--0.786 Å21.795 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.13 Å0.12 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数532 0 2 109 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.43
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.86
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 67 2.8 %
Rwork0.213 1609 -
obs--69.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMGENERATE_9.MTF
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.ION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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