PDB-1vej: Solution Structure of RSGI RUH-016, a UBA Domain from mouse cDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vej

タイトル

Solution Structure of RSGI RUH-016, a UBA Domain from mouse cDNA

要素

RIKEN cDNA 4931431F19

キーワード

structural genomics / unknown function / UBA domain / three helix bundle / ubiquitin associated domain / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Higuchi, Y. / Abe, T. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-016, a UBA Domain from mouse cDNA
著者: Higuchi, Y. / Abe, T. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vej.cif.gz	402.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vej.ent.gz	336.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vej_validation.pdf.gz	341.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vej_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	1vej_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	1vej_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2i96-d 3ra3-d 4d40-d 4o62-d 5v1l-d 5eka-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007005678

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RIKEN cDNA 4931431F19

7.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル

#1: タンパク質	RIKEN cDNA 4931431F19 / RIKEN cDNA 4931431F 分子量: 7504.151 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis system 遺伝子: Mus musculus RIKEN cDNA 4931431F19 gene (4931431F19Rik), mRNA プラスミド: P030324-24 / 参照: UniProt: Q9D4I8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 1.17mM UBA domain U-15N, 13C; 20mM PiNa; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Dealaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.893	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.8	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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