ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法 : 多重同系置換 / 解像度: 1.2→28.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1041497.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: Resolution-Dependent weighting scheme, Bulk solvent model used
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.247 | 6209 | 10.1 % | RANDOM |
---|
Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.23 | - | - | - |
---|
obs | 0.23 | 61195 | 98.3 % | - |
---|
all | - | 61195 | - | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4622 Å2 / ksol: 0.385921 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -0.81 Å2 | 0 Å2 | -0.59 Å2 |
---|
2- | - | 3.24 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -2.43 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.17 Å | 0.16 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.12 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.04 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1517 | 0 | 11 | 242 | 1770 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.004 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.75 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.09 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.56 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it15.49 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it8.68 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.278 | 1016 | 10.6 % |
---|
Rwork | 0.278 | 8613 | - |
---|
obs | - | - | 93.8 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | GLY.PARAMGLY.TOP | | | | | | | |
|
---|