PDB-1vdh: Structure-based functional identification of a novel heme-binding...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vdh

タイトル

Structure-based functional identification of a novel heme-binding protein from thermus thermophilus HB8

要素

muconolactone isomerase-like protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta barrel / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ebihara, A. / Okamoto, A. / Kousumi, Y. / Yamamoto, H. / Masui, R. / Ueyama, N. / Shibata, T. / Inoue, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2005
タイトル: Structure-based functional identification of a novel heme-binding protein from Thermus thermophilus HB8.
著者: Ebihara, A. / Okamoto, A. / Kousumi, Y. / Yamamoto, H. / Masui, R. / Ueyama, N. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S.

履歴

登録	2004年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vdh.cif.gz	272.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vdh.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/1vdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/1vdh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fxj-d 5t2k-d 6vsc-d 5loq-d 4wws-d 4qus-2 6vsa-d 1t0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003001485.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: muconolactone isomerase-like protein

B: muconolactone isomerase-like protein

C: muconolactone isomerase-like protein

D: muconolactone isomerase-like protein

E: muconolactone isomerase-like protein

145 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.738, 123.136, 131.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	muconolactone isomerase-like protein 分子量: 28944.758 Da / 分子数: 5 / 変異: K182E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHL6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

muconolactone isomerase-like protein

分子量: 28944.758 Da / 分子数: 5 / 変異: K182E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHL6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 30% ethylene glycol, 0.1M sodium acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)	波長
シンクロトロン	SPring-8	BL45XU	1	0.9791, 0.9797, 1.020
シンクロトロン	SPring-8	BL45XU	2		0.98

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU JUPITER 210	1	CCD	2001年12月3日
RIGAKU RAXIS V	2	IMAGE PLATE	2002年6月27日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	TRANSPARENT DIAMOND DOUBLE-CRYSTAL	MAD	M	x-ray	1
2	TRANSPARENT DIAMOND DOUBLE-CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9797	1
3	1.02	1
4	0.98	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 107812 / Num. obs: 107812 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 10780 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→19.99 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3315974.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	10787	10 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	0.188	107633	98.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 19.4946 Å² / k_sol: 0.323262 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10150	0	0	1018	11168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.06
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.15	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.65	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.03	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.02	2.5

Refine LS restraints NCS

NCS model details: CONSTR

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	1811	10.2 %
R_work	0.188	15903	-
obs	-	-	98 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM	WATER.TOP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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