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- PDB-1vdg: Crystal structure of LIR1.01, one of the alleles of LIR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vdg
タイトルCrystal structure of LIR1.01, one of the alleles of LIR1
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / negative regulation of serotonin secretion / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / negative regulation of serotonin secretion / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / immune response-regulating signaling pathway / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class I receptor activity / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of alpha-beta T cell activation / dendritic cell differentiation / protein phosphatase 1 binding / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of calcium ion transport / MHC class I protein binding / negative regulation of cell cycle / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / SH2 domain binding / receptor internalization / response to virus / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shiroishi, M. / Rasubala, L. / Kuroki, K. / Amano, K. / Tsuchiya, N. / Tokunaga, K. / Kohda, D. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of LIR1.03, one of the alleles of LIR1
著者: Shiroishi, M. / Rasubala, L. / Kuroki, K. / Amano, K. / Tsuchiya, N. / Tokunaga, K. / Kohda, D. / Maenaka, K.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0012
ポリマ－44,0012
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.969, 93.220, 57.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / LIR-1 / Immunoglobulin- like transcript 2 / ILT-2 / ...Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / LIR-1 / Immunoglobulin- like transcript 2 / ILT-2 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 7 / MIR-7 / CD85j antigen


分子量: 22000.662 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain (domain 1 and 2) / 変異: A70T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NHL6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris chloride, 0.7M potassium sodium tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 10575 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Num. unique all: 1007 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UGN

1ugn


解像度: 2.8→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 867342.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 519 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.25 10088 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.3155 Å2 / ksol: 0.358498 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 0 61 3010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 83 5 %
Rwork0.328 1573 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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