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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vd6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase complexed with Glycerol | ||||||
![]() | Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase / Glycerophosphodiester Phosphodiesterase / Thermus thermophilus / HB8 / Glycerol Complex / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishijima, J. / Yutani, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase complexed with Glycerol 著者: Ishijima, J. / Yutani, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1v8eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer covalently bound by disulfide bond. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24435.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 55978324, UniProt: Q53W25*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.1 詳細: Ammonium sulfate, dioxane, pH 8.1, Microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 55698 / Num. obs: 55698 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5701 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1V8E 解像度: 1.3→31.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1397512.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.19 Å2 / ksol: 0.367356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→31.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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