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万見
- PDB-1vd6: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vd6
タイトルCrystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase complexed with Glycerol
要素Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase / Glycerophosphodiester Phosphodiesterase / Thermus thermophilus / HB8 / Glycerol Complex / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ishijima, J. / Yutani, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase complexed with Glycerol
著者: Ishijima, J. / Yutani, K.
履歴
登録2004年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5272
ポリマ－24,4351
非ポリマー921
水5,711317
1
A: Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase
ヘテロ分子

A: Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0544
ポリマ－48,8702
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area1870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.194, 74.194, 73.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer covalently bound by disulfide bond.

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要素

#1: タンパク質 Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase


分子量: 24435.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 55978324, UniProt: Q53W25*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.1
詳細: Ammonium sulfate, dioxane, pH 8.1, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月24日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 55698 / Num. obs: 55698 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5701 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V8E

1v8e


解像度: 1.3→31.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1397512.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 5484 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.218 57811 --
obs0.217 54226 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.19 Å2 / ksol: 0.367356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20.2 Å20 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----4.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→31.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 6 317 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 889 10.2 %
Rwork0.272 7869 -
obs-8404 92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GOL.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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