ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1 | 精密化 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PP0 解像度: 2.6→29.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.272 | 737 | 11 % | random |
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Rwork | 0.225 | - | - | - |
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all | - | 7040 | - | - |
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obs | - | 6728 | 95.6 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 48.7833 Å2 / ksol: 0.360384 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 105.37 Å2 / Biso mean: 60.38 Å2 / Biso min: 23.32 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 8.77 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 8.77 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -17.55 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.44 Å | 0.36 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.56 Å | 0.45 Å |
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Luzzati d res high | - | 2.6 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.51 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1550 | 0 | 35 | 17 | 1602 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.66 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2.6-2.72 | 0.48 | 87 | 10.2 | 0.379 | 677 | 0.04 | 857 | 764 | 89.1 | 2.72-2.86 | 0.383 | 87 | 10.3 | 0.346 | 693 | 0.036 | 846 | 780 | 92.2 | 2.86-3.04 | 0.344 | 79 | 9.2 | 0.32 | 728 | 0.036 | 856 | 807 | 94.3 | 3.04-3.28 | 0.32 | 90 | 10.4 | 0.262 | 737 | 0.028 | 862 | 827 | 95.9 | 3.28-3.6 | 0.274 | 92 | 10.5 | 0.206 | 758 | 0.022 | 873 | 850 | 97.4 | 3.6-4.12 | 0.278 | 93 | 10.6 | 0.206 | 768 | 0.022 | 875 | 861 | 98.3 | 4.12-5.19 | 0.227 | 100 | 11.1 | 0.177 | 788 | 0.018 | 900 | 888 | 98.7 | 5.19-29.51 | 0.239 | 109 | 11.1 | 0.217 | 842 | 0.021 | 978 | 951 | 97.2 |
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