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万見
- PDB-1vcx: Neutron Crystal Structure of the Wild Type Rubredoxin from Pyroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcx
タイトルNeutron Crystal Structure of the Wild Type Rubredoxin from Pyrococcus Furiosus at 1.5A Resolution
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Neutron structure / Hydrogen atom position / Hydration water structure / Hydrogen/Deuterium exchange / Iron-sulfur core / N-terminal region
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / : / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kurihara, K. / Tanaka, I. / Chatake, T. / Adams, M.W.W. / Jenney Jr., F.E. / Moiseeva, N. / Bau, R. / Niimura, N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Neutron crystallographic study on rubredoxin from Pyrococcus furiosus by BIX-3, a single-crystal diffractometer for biomacromolecules
著者: Kurihara, K. / Tanaka, I. / Chatake, T. / Adams, M.W.W. / Jenney Jr., F.E. / Moiseeva, N. / Bau, R. / Niimura, N.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.42018年7月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.52018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9562
ポリマ－5,9011
非ポリマー561
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.320, 35.310, 44.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / PF Rd


分子量: 5900.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: macroseeding / pH: 8
詳細: sodium dihydrogen phosphate, dipotassium hydrogen phosphate, pH 8.0, Macroseeding, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: JRR-3M / ビームライン: 1G-A / 波長: 2.33 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE DIP100 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月24日
放射モノクロメーター: elastically-bent perfect Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 7417 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 6.4 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 469 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 53.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BRF

1brf


解像度: 1.5→27.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 103355.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
詳細: X-PLOR 3.851 was also used for the refinement. THE STANDARD TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CHANGED FOR HYDROGEN AND DEUTERIUM ATOM PARAMETERS TO MEET THE REQUIREMENTS OF THE NEUTRON STRUCTURE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 789 10.8 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-7286 80.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 100 Å2 / ksol: 0.05010384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数413 0 1 37 451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.01
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it2.492.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 48 10.3 %
Rwork0.271 416 -
obs-464 52.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
NEUTRON DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN-ALLHDG.TOP
NEUTRON DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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