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- PDB-1vas: ATOMIC MODEL OF A PYRIMIDINE DIMER SPECIFIC EXCISION REPAIR ENZYM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vas
タイトルATOMIC MODEL OF A PYRIMIDINE DIMER SPECIFIC EXCISION REPAIR ENZYME COMPLEXED WITH A DNA SUBSTRATE: STRUCTURAL BASIS FOR DAMAGED DNA RECOGNITION
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*A)-3')
  • PROTEIN (T4 ENDONUCLEASE V (E.C.3.1.25.1))
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine endonucleosidase / pyrimidine dimer DNA N-glycosylase activity / deoxyribodipyrimidine endonucleosidase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / T4 endonuclease V / Pyrimidine dimer DNA glycosylase / Pyrimidine dimer DNA glycosylase, endonuclease V type / T4 endonuclease V / Pyrimidine dimer DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Kashiwagi, T. / Mikami, Y. / Ariyoshi, M. / Iwai, S. / Ohtsuka, E. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Atomic model of a pyrimidine dimer excision repair enzyme complexed with a DNA substrate: structural basis for damaged DNA recognition.
著者: Vassylyev, D.G. / Kashiwagi, T. / Mikami, Y. / Ariyoshi, M. / Iwai, S. / Ohtsuka, E. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of a Pyrimidine Dimer-Specific Excision Repair Enzyme from Bacteriophage T4: Refinement at 1.45 Angstroms and X-Ray Analysis of the Three Active Site Mutants
著者: Morikawa, K. / Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Matsumoto, O. / Katayanagi, K. / Ohtsuka, E.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1993
タイトル: DNA Repair Enzymes
著者: Morikawa, K.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Role of the Basic Amino Acid Cluster and Glu-23 in Pyrimidine Dimer Glycosylase Activity of T4 Endonuclease V
著者: Doi, T. / Recktenwald, A. / Karaki, Y. / Kikuchi, M. / Morikawa, K. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Hori, N. / Ohtsuka, E.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: X-Ray Structure of T4 Endonuclease V: An Excision Repair Enzyme Specific for a Pyrimidine Dimer
著者: Morikawa, K. / Matsumoto, O. / Tsujimoto, M. / Katayanagi, K. / Ariyoshi, M. / Doi, T. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Pyrimidine Dimer-Specific Excision Repair Enzyme from Bacteriophage T4
著者: Morikawa, K. / Tsujimoto, M. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E.
履歴
登録1995年9月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年5月1日Group: Derived calculations / Other
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*A)-3')
A: PROTEIN (T4 ENDONUCLEASE V (E.C.3.1.25.1))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9173
ポリマ－23,9173
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.820, 118.820, 36.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3958.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*A)-3')


分子量: 3985.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (T4 ENDONUCLEASE V (E.C.3.1.25.1))


分子量: 15972.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: DENV / 遺伝子 (発現宿主): DENV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: MUTANT E23Q / 参照: UniProt: P04418
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
3NH4 SULFATE11
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.38 mMprotein1drop
20.53 mMDNA1dropduplex
3150 mMTris-HCl1drop
433 %satammonium sulfate1drop
554 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE DIP100 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 5662 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 24907

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
ELMSデータ削減
精密化解像度: 2.75→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 --
Rwork0.152 --
obs0.152 5447 72 %
原子変位パラメータBiso mean: 7.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 527 0 143 1799
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 7.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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