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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vas | ||||||
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タイトル | ATOMIC MODEL OF A PYRIMIDINE DIMER SPECIFIC EXCISION REPAIR ENZYME COMPLEXED WITH A DNA SUBSTRATE: STRUCTURAL BASIS FOR DAMAGED DNA RECOGNITION | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribodipyrimidine endonucleosidase / pyrimidine dimer DNA N-glycosylase activity / deoxyribodipyrimidine endonucleosidase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vassylyev, D.G. / Kashiwagi, T. / Mikami, Y. / Ariyoshi, M. / Iwai, S. / Ohtsuka, E. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic model of a pyrimidine dimer excision repair enzyme complexed with a DNA substrate: structural basis for damaged DNA recognition. 著者: Vassylyev, D.G. / Kashiwagi, T. / Mikami, Y. / Ariyoshi, M. / Iwai, S. / Ohtsuka, E. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Pyrimidine Dimer-Specific Excision Repair Enzyme from Bacteriophage T4: Refinement at 1.45 Angstroms and X-Ray Analysis of the Three Active Site Mutants 著者: Morikawa, K. / Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Matsumoto, O. / Katayanagi, K. / Ohtsuka, E. #3: ![]() タイトル: Role of the Basic Amino Acid Cluster and Glu-23 in Pyrimidine Dimer Glycosylase Activity of T4 Endonuclease V 著者: Doi, T. / Recktenwald, A. / Karaki, Y. / Kikuchi, M. / Morikawa, K. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Hori, N. / Ohtsuka, E. #4: ![]() タイトル: X-Ray Structure of T4 Endonuclease V: An Excision Repair Enzyme Specific for a Pyrimidine Dimer 著者: Morikawa, K. / Matsumoto, O. / Tsujimoto, M. / Katayanagi, K. / Ariyoshi, M. / Doi, T. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E. #5: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Pyrimidine Dimer-Specific Excision Repair Enzyme from Bacteriophage T4 著者: Morikawa, K. / Tsujimoto, M. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3958.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3985.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15972.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: DENV / 遺伝子 (発現宿主): DENV / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE DIP100 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 5662 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 24907 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.75→10 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 7.8 Å2 | ||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 7.8 Å2 | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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