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- PDB-1va7: Yeast Myo3 SH3 domain, triclinic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1va7
タイトルYeast Myo3 SH3 domain, triclinic crystal form
要素Myosin-3 isoform
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Structural genomics / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


bipolar cellular bud site selection / myosin I complex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch localization / fungal-type cell wall organization / actin cortical patch / cell tip / reticulophagy / response to osmotic stress / microfilament motor activity ...bipolar cellular bud site selection / myosin I complex / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch localization / fungal-type cell wall organization / actin cortical patch / cell tip / reticulophagy / response to osmotic stress / microfilament motor activity / myosin binding / exocytosis / actin filament organization / cell periphery / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal myosin-I, SH3 domain / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains ...Fungal myosin-I, SH3 domain / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kursula, P. / Lehmann, F. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High-throughput structural genomics of yeast SH3 domains
著者: Kursula, P. / Lehmann, F. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2004年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-3 isoform
B: Myosin-3 isoform
C: Myosin-3 isoform
D: Myosin-3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7666
ポリマ－30,5824
非ポリマー1842
水00
1
A: Myosin-3 isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6461
ポリマ－7,6461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin-3 isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6461
ポリマ－7,6461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Myosin-3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7382
ポリマ－7,6461
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Myosin-3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7382
ポリマ－7,6461
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.800, 48.750, 48.840
Angle α, β, γ (deg.)60.70, 70.74, 70.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 61 / Label seq-ID: 3 - 61

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細each chain is an independent biological unit

-
要素

#1: タンパク質
Myosin-3 isoform / Myo3


分子量: 7645.547 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36006
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8115 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 6221 / Num. obs: 6221 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 609 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RUW

1ruw


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 24.02 / SU ML: 0.436 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS parameters used / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28017 311 5 %RANDOM
Rwork0.23625 ---
all0.23831 6220 --
obs0.23831 6220 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å2-0.64 Å2-1.53 Å2
2---0.6 Å26.61 Å2
3----2.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 12 0 1994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9852784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78934222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8445252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1751.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.28522060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4083774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5624.5724
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 860 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
3Ctight positional0.030.05
4Dtight positional0.030.05
1Atight thermal0.050.5
2Btight thermal0.050.5
3Ctight thermal0.050.5
4Dtight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.422 23
Rwork0.357 440
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4311-1.2325-0.74243.4952-0.53432.9893-0.3105-0.38920.3789-0.19550.3015-0.5001-0.12720.24810.0090.2812-0.0072-0.0340.2407-0.12050.23372.2494-0.62190.2925
211.986-0.32820.73861.3493-2.56872.4651-0.25890.3459-0.4322-0.03830.1702-0.37410.50620.36850.08870.4084-0.07980.02440.1738-0.19960.2414-17.161-8.19-13.0476
37.96962.27551.31162.8190.5799.1717-0.09070.0107-0.1716-0.7223-0.00220.3216-0.6493-0.36310.09290.4170.0151-0.04170.1349-0.04060.2569-29.51340.4357-28.4765
412.0048-2.7139-0.54515.53021.099710.41220.0045-0.08650.23851.00150.21580.26740.7593-0.6864-0.22030.4399-0.0636-0.00080.0766-0.03190.2228-10.2545-9.34515.6622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 703 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 703 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 623 - 62
4X-RAY DIFFRACTION3CE71
5X-RAY DIFFRACTION4DD3 - 623 - 62
6X-RAY DIFFRACTION4DF71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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