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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v9s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TT0130 protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | uracil phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / pyrimidine salvage / oligomerization / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / GTP binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from Thermus thermophilus HB8 著者: Lokanath, N.K. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is homotetramer composed of four protomers in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23123.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: ammonium sulphate, sodium citrate, dioxane, pH 5.5, microbatch, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月8日 / 詳細: RH COATED BENT-CYRINDRICAL MIRROR | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 71936 / Num. obs: 71836 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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