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- PDB-1v66: Solution structure of human p53 binding domain of PIAS-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v66
タイトルSolution structure of human p53 binding domain of PIAS-1
要素Protein inhibitor of activated STAT protein 1
キーワードLIGASE / four helix bundle / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex assembly / SUMO ligase activity / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of protein sumoylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / positive regulation of protein localization to cell periphery / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / fat cell differentiation / SUMOylation of transcription factors ...protein-DNA complex assembly / SUMO ligase activity / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of protein sumoylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / positive regulation of protein localization to cell periphery / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / fat cell differentiation / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / postsynaptic cytosol / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNG signaling / presynaptic cytosol / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nuclear periphery / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / transcription coregulator activity / SUMOylation of intracellular receptors / visual learning / PML body / G1/S transition of mitotic cell cycle / Formation of Incision Complex in GG-NER / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / cytoskeleton / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / SAP domain / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily ...PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / SAP domain / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase PIAS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Okubo, S. / Hara, F. / Tsuchida, Y. / Shimotakahara, S. / Suzuki, S. / Hatanaka, H. / Yokoyama, S. / Tanaka, H. / Yasuda, H. / Shindo, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: NMR structure of the N-terminal domain of SUMO ligase PIAS1 and its interaction with tumor suppressor p53 and A/T-rich DNA oligomers
著者: Okubo, S. / Hara, F. / Tsuchida, Y. / Shimotakahara, S. / Suzuki, S. / Hatanaka, H. / Yokoyama, S. / Tanaka, H. / Yasuda, H. / Shindo, H.
履歴
登録2003年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein inhibitor of activated STAT protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4671
ポリマ－7,4671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Protein inhibitor of activated STAT protein 1 / protein inhibitor of activated STAT-1 / PIAS-1 / Gu binding protein / GBP / RNA helicase II binding ...protein inhibitor of activated STAT-1 / PIAS-1 / Gu binding protein / GBP / RNA helicase II binding protein / DEAD/H box-binding protein 1


分子量: 7466.976 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75925

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: Guentert, P. / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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