PDB-1v63: Solution structure of the 6th HMG box of mouse UBF1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v63

タイトル

Solution structure of the 6th HMG box of mouse UBF1

要素

Nucleolar transcription factor 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / DNA binding / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / rDNA heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / cellular response to leukemia inhibitory factor / chromatin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Sato, M. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the 6th HMG box of mouse UBF1
著者: Sato, M. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2003年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v63.cif.gz	632.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v63.ent.gz	529.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lor-d 4odm-1 1mix-d 3k2y-2 2i4s-d 4ll9-1 4phy-d 4ll9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007011339.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Nucleolar transcription factor 1

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Nucleolar transcription factor 1 / Upstream binding factor 1 / UBF-1 分子量: 11610.073 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 1300010N03 / プラスミド: P030107-54 / 参照: UniProt: P25976

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.2mM HMG box domain U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.816	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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