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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v4v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of UDP-N-Acetylglucosamine 2-Epimerase From Thermus Thermophilus HB8 | ||||||
要素 | UDP-N-Acetylglucosamine 2-Epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / UDP-GlcNAc / Two Domains / Homodimer / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Structure Of UDP-N-Acetylglucosamine 2-Epimerase From Thermus Thermophilus HB8 著者: Bagautdinov, B. / Tahirov, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v4v.cif.gz | 178.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v4v.ent.gz | 141.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v4v_validation.pdf.gz | 462.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v4v_full_validation.pdf.gz | 482.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1v4v_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v4v_validation.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1f6dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41402.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: cap5P / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P83824, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) #2: 化合物 | ChemComp-ACY / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, Acetate, pH 8, MICROBATCH, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 81276 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 20058 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F6D 解像度: 1.8→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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